在多个文件上运行python QIME脚本

Question

我正试图制作一个脚本文件，在多个文件上运行python脚本（来自QIME管道），而无需每次都键入脚本（我有大约150个文件，还有更多）。

我使用virtualbox来运行ubuntu环境。

我首先使用gedit 创建了一个文件"splitvm3.sh"

此文件包含：

#!/bin/sh
# this is the script for the VM3 experiment ~/splitvm3.sh
split_libraries.py -m mappingVM3001.txt -b 0 -p -f DNA12115-001-L1-R1-ACGCTCGACA.fna -q DNA12115-001-L1-R1-ACGCTCGACA.qual -o split_library_output001
split_libraries.py -m mappingVM3002.txt -b 0 -p -f DNA12115-002-L1-R1-AGACGCACTC.fna -q DNA12115-002-L1-R1-AGACGCACTC.qual -o split_library_output002

然后我使用了命令：

chmod +x ./splitvm3.sh

从存储我的文件的目录。

最后，我输入来运行脚本

python splitvm3.sh

我收到错误信息：

SyntaxError: invalid syntax

显然它指向我文件的第4行。

我完全缺乏了解问题所在的基本知识。两周前，我开始了整个ubuntu/python/QIME的工作，并自学了所有内容。每一点点帮助都将不胜感激！

Seb

Answer 1

我不知道'split_libraries.py'怎么办

这个脚本似乎写了错误消息。

复制这个"第4行"并直接在终端中调用它。会发生什么？你从哪里得到的。。。txt'文件？

其中一个输入文件的格式或编码是否错误？

Answer 2

问题是您正试图使用python解释器运行shell脚本。尽管split_libraries.py是一个python脚本，但您尝试使用的脚本实际上是一个shell脚本。

你几乎是对的，你只需要执行这样的脚本：

sh splitvm3.sh

或者，如果你有一个shebang，你也可以只是：

./splitvm3.sh

Answer 3

我知道这是一个老问题，现在可能已经对问题进行了排序，但错误来自文件中的多行。

Qiime脚本可以处理多个文件，只要它们的格式正确。

尝试将"splitvm3.sh"文件保存为：

split_libraries.py -m mappingVM3001.txt -b 0 -p -f DNA12115-001-L1-R1-ACGCTCGACA.fna,DNA12115-002-L1-R1-AGACGCACTC.fna -q DNA12115-001-L1-R1-ACGCTCGACA.qual,DNA12115-002-L1-R1-AGACGCACTC.qual -o split_library_output

然后从存储.fna和.qual文件的同一目录运行：

python splitvm3.sh 

Answer 4

这是一个老问题，但我有实验室成员问过我这件事，所以我想补充一点，我在使用的多个文件上运行QIME脚本时运气很好

find . -name "*.fastq" -exec qiimescriptname.py {} ;
或者，我在bash中运行do循环，例如：

for file in data/*; do usearch32 -fastq_filter "${file}" -fastq_maxee 0.5 -fastq_truncqual 19 -fastq_qmax 45 -fastaout "${file}.fasta"; done;