使用随机模块管理DNA突变

Question

我想输入一个DNA序列，并使某种生成器产生具有一定突变频率的序列。例如，假设我有DNA链"ATGTCGTCACACACCGCAGATCCGTGTTTGAC"，并且我想创建T->频率为5%的突变。我该如何创造它呢?我听说我可以使用随机模块，但我不是一个有经验的程序员，有点困惑，从哪里开始。你知道我该怎么做吗?谢谢。

Answer 1

这很简单:遍历字符串，每当你找到一个可能的突变点时，如果随机数说:

import random
def mutate(string, mutation, threshold):
    dna = list(string)
    for index, char in enumerate(dna):
        if char in mutation:
            if random.random() < threshold:
                dna[index] = mutation[char]
    return ''.join(dna)

如果您想要更花哨，您可以使用列表推导式:

import random
def mutate(string, mutation, threshold):
    return ''.join([mutation[char] if random.random() < threshold 
                                       and char in mutation else char
                                       for char in string])