r-在data.frames列表中替换数据帧中的值，并将每个输出保存到一个新列表中

Question

我有一个data.frames的列表，它有几个列和不同的行数，当Cumulative列的值为零时，我想创建一组新的列表，但要递归，即一个输出的累积列的第一个值为零，另一个输出第二个值为0，依此类推。

以下是我的列表：

$test
$ABO
Locus   Gene   Link Semantic Combined Cumulative Notes
1    ABO GTF3C5 0.0173   0.2622   0.1398     0.1398  Good
2    ABO  GBGT1 0.0734   0.0790   0.0762     0.2160      
3    ABO    ABO 0.1363   0.0125   0.0744     0.2904      
4    ABO   BRD3 0.0006   0.1048   0.0527     0.3431      
5    ABO   VAV2 0.0020   0.1023   0.0521     0.3952      
6    ABO   WDR5 0.0546   0.0441   0.0494     0.4446      
7    ABO  RPL7A 0.0345   0.0640   0.0493     0.4939      

$ACSL1
Locus     Gene   Link Semantic Combined Cumulative Notes
37 ACSL1    CENPU 0.3358   0.0000   0.1679     0.1679  Good
38 ACSL1  CCDC110 0.0175   0.2900   0.1538     0.3217      
39 ACSL1 TRAPPC11 0.0143   0.2658   0.1400     0.4617      
40 ACSL1     IRF2 0.0316   0.2063   0.1189     0.5806      
41 ACSL1  ANKRD37 0.0707   0.1001   0.0854     0.6660      
42 ACSL1    ACSL1 0.0333   0.1157   0.0745     0.7405      
$ADAMTS9
Locus    Gene   Link Semantic Combined Cumulative Notes
56 ADAMTS9   ATXN7 0.1424        1   0.5712     0.5712  Good
57 ADAMTS9 C3orf49 0.3463        0   0.1732     0.7444      
$ADCY5
Locus   Gene   Link Semantic Combined Cumulative Notes
62 ADCY5  ADCY5 0.4132   0.8535   0.6333     0.6333  Good
63 ADCY5 SEMA5B 0.1679   0.0000   0.0839     0.7172    
$ANK1
Locus   Gene   Link Semantic Combined Cumulative Notes
75  ANK1   POLB 0.0820   0.2270   0.1545     0.1545  Good    
76  ANK1 NKX6-3 0.2563   0.0000   0.1282     0.2827      
77  ANK1   ANK1 0.1314   0.0690   0.1002     0.3829      
78  ANK1  SFRP1 0.0628   0.1206   0.0917     0.4746      
79  ANK1  AP3M2 0.1118   0.0626   0.0872     0.5618      
80  ANK1   PLAT 0.1554   0.0000   0.0777     0.6395      
81  ANK1 CHRNA6 0.0031   0.1418   0.0725     0.7120   

我一直在尝试实现for loop，但我只得到一个列表，并且Cumulative列的最后一个值为零。我需要对每个输出列表进行下游分析这是我到目前为止的代码：

list.1 <- list()
for (i in 1:length(test)){
for (j in 1:dim(scores.thres.v2[[i]])[1]){
df <- scores.thres.v2[[i]]
df[j,"Cumulative"] <- 0
list.1[[i]] <- df
}
}

感谢

Answer 1

我对你的问题的解释是：循环浏览列表中的每个数据帧。在循环中，遍历每一行并返回一个data.frame，其中变量"Cucumulative"为0。最终结果是数据帧列表的列表。

这里有一种方法可以做到这一点：

myList <- lapply(test, function(i) lapply(1:nrow(i),
function(j) {i[j, "Cumulative"] <- 0; i}))

数据

ABO <- read.table(header=T, , stringsAsFactors=F, text="Locus   Gene   Link Semantic Combined Cumulative
1    ABO GTF3C5 0.0173   0.2622   0.1398     0.1398
2    ABO  GBGT1 0.0734   0.0790   0.0762     0.2160      
3    ABO    ABO 0.1363   0.0125   0.0744     0.2904      
4    ABO   BRD3 0.0006   0.1048   0.0527     0.3431      
5    ABO   VAV2 0.0020   0.1023   0.0521     0.3952      
6    ABO   WDR5 0.0546   0.0441   0.0494     0.4446      
7    ABO  RPL7A 0.0345   0.0640   0.0493     0.4939")
ACSL1 <- read.table(header=T, , stringsAsFactors=F, text="Locus     Gene   Link Semantic Combined Cumulative
37 ACSL1    CENPU 0.3358   0.0000   0.1679     0.1679
38 ACSL1  CCDC110 0.0175   0.2900   0.1538     0.3217      
39 ACSL1 TRAPPC11 0.0143   0.2658   0.1400     0.4617      
40 ACSL1     IRF2 0.0316   0.2063   0.1189     0.5806      
41 ACSL1  ANKRD37 0.0707   0.1001   0.0854     0.6660      
42 ACSL1    ACSL1 0.0333   0.1157   0.0745     0.7405")
test <- list("ABO"=ABO, "ACSL1"=ACSL1)