我已经从SRA下载了一个fastq文件，在将其读取到我的工作区时遇到了问题.有没有其他方法可以将fastq文件读取为R

Question

fqsample<-readFastq("/cloud/project/sra_data.fastq."，pattern="fastq"(错误：输入/输出找不到输入文件目录路径：/cloud/project/sra_data.fastq。模式：fastq

Answer 1

您的路径或文件名似乎是错误的。

是。在文件名末尾(.fastq.(是故意的还是打字错误？

尝试不使用。：

fqsample <- readFastq("/cloud/project/sra_data.fastq", pattern = "fastq") 

编辑

我刚刚在一个文件上尝试了readFastq函数。您不需要指定pattern = "fastq"。

为了更详细地解释它，您可以通过两种方式读取文件：

readFastq("/cloud/project/", pattern = "sra_data.fastq")

这里第一个参数只是路径，第二个参数是文件名。如果只提供路径，它将读取目录中的所有文件。

或：

readFastq("/cloud/project/sra_data.fastq")

希望这能有所帮助。