我正在使用一个名为Chimera的科学软件。对于这个问题下游的一些代码，它要求我使用 Python 2.7。
我想调用一个进程，给该进程一些输入，读取其输出，基于该进程为其提供更多输入，等等。
我使用Popen打开进程，process.stdin.write传递标准输入，但随后我在进程仍在运行时尝试获取输出时陷入困境。process.communicate()停止这个过程，process.stdout.readline()似乎让我陷入无限循环。
下面是我想做的一个简化示例：
假设我有一个名为exampleInput.sh的 bash 脚本。
#!/bin/bash
# exampleInput.sh
# Read a number from the input
read -p 'Enter a number: ' num
# Multiply the number by 5
ans1=$( expr $num * 5 )
# Give the user the multiplied number
echo $ans1
# Ask the user whether they want to keep going
read -p 'Based on the previous output, would you like to continue? ' doContinue
if [ $doContinue == "yes" ]
then
echo "Okay, moving on..."
# [...] more code here [...]
else
exit 0
fi
通过命令行与之交互，我将运行脚本，键入"5"，然后，如果它返回"25"，我将键入"yes"，如果没有，我将键入"no"。
我想运行一个 python 脚本，在其中传递exampleInput.sh"5"，如果它给我"25"，那么我传递"是">
到目前为止，这是我所能得到的尽可能接近的：
#!/home/user/miniconda3/bin/python2
# talk_with_example_input.py
import subprocess
process = subprocess.Popen(["./exampleInput.sh"],
stdin = subprocess.PIPE,
stdout = subprocess.PIPE)
process.stdin.write("5")
answer = process.communicate()[0]
if answer == "25":
process.stdin.write("yes")
## I'd like to print the STDOUT here, but the process is already terminated
但这当然失败了，因为在"process.communication()"之后，我的进程不再运行了。
(以防万一/仅供参考)：实际问题
嵌合体通常是一个基于GUI的应用程序，用于检查蛋白质结构。如果您运行chimera --nogui，它将打开一个提示并接受输入。
在运行下一个命令之前，我经常需要知道嵌合体输出的内容。例如，我经常尝试生成蛋白质表面，如果Chimera不能生成表面，它就不会破裂 - 它只是通过STDOUT说出来。因此，在我的python脚本中，当我循环分析许多蛋白质时，我需要检查STDOUT以了解是否继续分析该蛋白质。
在其他用例中，我将通过Chimera运行大量命令来首先清理蛋白质，然后我需要运行许多单独的命令来获取不同的数据片段，并使用该数据决定是否运行其他命令。我可以获取数据，关闭子进程，然后运行另一个进程，但这需要每次重新运行所有这些清理命令。
无论如何，这些是我希望能够将STDIN推送到子流程，读取STDOUT并且仍然能够推送更多STDIN的一些真实原因。
谢谢你的时间！
您不需要在示例中使用process.communicate。
使用process.stdin.write和process.stdout.read轻松读写。还要确保发送换行符，否则read不会返回。当您从 stdin(标准)读取时，您还必须处理来自echo的换行符。
注意：process.stdout.read将阻止直到EOF。
# talk_with_example_input.py
import subprocess
process = subprocess.Popen(["./exampleInput.sh"],
stdin = subprocess.PIPE,
stdout = subprocess.PIPE)
process.stdin.write("5n")
stdout = process.stdout.readline()
print(stdout)
if stdout == "25n":
process.stdin.write("yesn")
print(process.stdout.readline())
$ python2 test.py
25
Okay, moving on...
更新
以这种方式与程序通信时，您必须特别注意应用程序实际编写的内容。最好是在十六进制编辑器中分析输出：
$ chimera --nogui 2>&1 | hexdump -C
请注意，readline[1]只读取下一个换行符 (n)。在您的情况下，您必须至少调用readline四次才能获得第一个输出块。
如果只想读取所有内容，直到子进程停止打印，则必须逐字节读取并实现超时。可悲的是，read和readline都没有提供这样的超时机制。这可能是因为底层read系统调用[2](Linux)也没有提供。
在 Linux 上，我们可以使用轮询/选择编写单线程read_with_timeout()。有关示例，请参阅[3]。
from select import epoll, EPOLLIN
def read_with_timeout(fd, timeout__s):
"""Reads from fd until there is no new data for at least timeout__s seconds.
This only works on linux > 2.5.44.
"""
buf = []
e = epoll()
e.register(fd, EPOLLIN)
while True:
ret = e.poll(timeout__s)
if not ret or ret[0][1] is not EPOLLIN:
break
buf.append(
fd.read(1)
)
return ''.join(buf)
如果您需要一种可靠的方法来读取Windows和Linux下的非阻塞，则此答案可能会有所帮助。
[1]来自 Python 2 文档：
读取行(限制=-1)
从流中读取并返回一行。如果指定了限制，则最多读取限制字节。
对于二进制文件，行终止符始终为 b'';对于文本文件，open() 的换行符参数可用于选择识别的行终止符。
[2]从man 2 read：
#include <unistd.h> ssize_t read(int fd, void *buf, size_t count);
[3]示例
$ tree
.
├── prog.py
└── prog.sh
prog.sh
#!/usr/bin/env bash
for i in $(seq 3); do
echo "${RANDOM}"
sleep 1
done
sleep 3
echo "${RANDOM}"
prog.py
# talk_with_example_input.py
import subprocess
from select import epoll, EPOLLIN
def read_with_timeout(fd, timeout__s):
"""Reads from f until there is no new data for at least timeout__s seconds.
This only works on linux > 2.5.44.
"""
buf = []
e = epoll()
e.register(fd, EPOLLIN)
while True:
ret = e.poll(timeout__s)
if not ret or ret[0][1] is not EPOLLIN:
break
buf.append(
fd.read(1)
)
return ''.join(buf)
process = subprocess.Popen(
["./prog.sh"],
stdin = subprocess.PIPE,
stdout = subprocess.PIPE
)
print(read_with_timeout(process.stdout, 1.5))
print('-----')
print(read_with_timeout(process.stdout, 3))
$ python2 prog.py
6194
14508
11293
-----
10506