从需要使用 R 进行身份验证的 OpenDap 服务器获取数据



我正在尝试使用 R 和 ncdf4 包从 OPeNDAP 服务器获取数据。但是,NASA eosdis服务器需要用户名/密码。如何使用 R 传递此信息?

这是我正在尝试做的:

require(ncdf4)
f1 <- nc_open('https://disc2.gesdisc.eosdis.nasa.gov/opendap/TRMM_L3/TRMM_3B42.7/2018/020/3B42.20180120.15.7.HDF')

和错误消息:

Rsx_nc4_get_vara_double中的错误:NetCDF:授权失败语法 错误、意外WORD_WORD、预期SCAN_ATTR或SCAN_DATASET或 SCAN_ERROR上下文:HTTP^ 基本:访问被拒绝。变量: nlat ndims: 1
开始: 0 计数: 400 错误在ncvar_get_inner(d$dimvarid$group_id, d$dimvarid$id, default_missval_ncdf4((, : C 函数 返回R_nc4_get_vara_double错误

我尝试了网址 https://username:password@disc2....但这也没有用。

Daniel,

您正在访问的服务正在使用第三方重定向对用户进行身份验证。因此,在 URL 中提供凭据的简单方法不起作用。

您需要创建 2 个文件。

  1. 一个 .dodsrc 文件(netcdf-c 库的 RC 文件(,包含以下内容

    HTTP.COOKIEFILE=.cookies
    HTTP.NETRC=.netrc

  2. 一个 .netrc 文件,位于 .dodsrc 中引用的位置,其中包含您的凭据:

    机器 urs.earthdata.nasa.gov
    登录 你的用户名这里
    密码 你的宝帕斯剑这里

您可以在以下位置找到更多详细信息: https://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf/docs/md__Users_wfisher_Desktop_v4_86_81-prep_netcdf-c_docs_auth.html

问候

安东尼奥

不幸的是

即使在定义了凭据及其位置之后

ncdf4::nc_open("https://gpm1.gesdisc.eosdis.nasa.gov/opendap/GPM_L3/GPM_3IMERGDE.06/2020/08/3B-DAY-E.MS.MRG.3IMERG.20200814-S000000-E235959.V06.nc4")

仍然返回

Rsx_nc4_get_vara_double中的错误:NetCDF:授权失败

从终端使用 ncdump 时也会发生同样的情况:

$ ncdump https://gpm1.gesdisc.eosdis.nasa.gov/opendap/GPM_L3/GPM_3IMERGDE.06/2020/08/3B-DAY-E.MS.MRG.3IMERG.20200814-S000000-E235959.V06.nc4

返回

语法错误、意外WORD_WORD、预期SCAN_ATTR或SCAN_DATASET或 SCAN_ERROR上下文:HTTP^ 基本:访问被拒绝。NetCDF:授权 失败位置:文件/build/netcdf-KQb2aQ/netcdf-4.6.0/ncdump/vardata.c;473路

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