当我尝试使用Netbeans运行java代码时，一切都很好，RC2加密代码给出5BqOI5c¸ä3î1Ü。但是在windows上运行编译后的jar文件，输出是不同的5B?qO?I5cä3???1Ü?。如果我从linux运行相同的jar文件，问题就解决了。
这几乎肯定就是控制台在每种情况下处理非ascii字符的方式。然而，这是你做一些你不应该开始的事情的必然结果:当你不应该这样做时，将任意的byte[]转换为String，或者至少以一种你不应该的方式，例如new String(byte[])。即使指定Charset(在文本和该文本的二进制表示形式之间进行转换时，无论在哪个方向都应该这样做)在这里也没有帮助。
加密的结果是而不是编码的文本-它只是字节。理想情况下，您应该将其保留为byte[] -毕竟它只是二进制数据。如果需要将其转换为文本，则应该使用十六进制或base64，因为这样您将获得一个总是可逆的ASCII表示，以返回原始二进制数据。
对于base64，您可能会考虑使用一个很好的公共域库。