从Linux Bash中Windows中形成的文本文件中读取内容

Question

我正在尝试使用WGET和URL从数据库下载文件。例如

wget" http://www.rcsb.org/pdb/files/1bxs.pdb"

因此，URL的格式就是这样：http：//www.rcsb.org/pdb/files/（$ idnumber）.pdb"

但是我有很多文件要下载；因此，我写了一个bash脚本，该脚本读取文本文件中的id_numbers，形成URL字符串和WGET下载。

!/bin/bash
while read line
do
url="http://www.rcsb.org/pdb/files/$line.pdb"
echo -e $url
wget $url
done < id_numbers.txt

但是，将URL字符串形成为

.pdb://www.rcsb.org/pdb/files/4H80

因此，.pdb用http重新录制。我不知道为什么。有人有主意吗？我该如何格式化它，以便URL

"http://www.rcsb.org/pdb/files/($idnumber).pdb"

？非常感谢。

注意。这个问题被标记为"如何在bash中连接弦？"的重复。但是我实际上在要求其他东西。在问这个问题之前，我读了这个问题，事实证明我的问题是在Windows中准备TXT文件并非真正的字符串concetation。我编辑了问题标题。我希望现在更清楚。

Answer 1

听起来像您的id_numbers.txt文件具有DOS/Windows风格的线路结束（托架返回后返回，后面是lineFeed字符），而不是普通的Unix线路结尾（只有lineFeed）。结果是read认为线路以托架返回而结束，$line实际上在末端有一个托架返回，并且嵌入在URL中，引起了各种混乱。

。

有几种解决此问题的方法。当您使用时，您可以从变量中击败马车返回：

url="http://www.rcsb.org/pdb/files/${line%$'r'}.pdb"

，或者您可以通过告诉 read将马车返回计算为whitespace（ read将从读取的内容中缩小和落后）：

将

while IFS=$'r' read line

，或者您可以使用诸如dos2unix（或OS上的等效内容）之类的命令来转换ID_NUMBERS.TXT文件。

Answer 2

-e ECHO选项用于输出所需的内容而无需插入新行，您不需要它。

我还怀疑您的文件包含要畸形的ID，您创建了哪个操作系统？

无论如何，您可以这样简化脚本：

!/bin/bash
while read line
do
    wget "http://www.rcsb.org/pdb/files/$line.pdb"
done < id_numbers.txt

我能够通过生成类似的id_numbers.txt文件成功测试它：

for i in $(0 9) ; do echo "$i" >> id_numbers.txt ; done

Answer 3

尝试以下：

url="http://www.rcsb.org/pdb/files/"$line
$url=$url".pdb"

有关更多信息，请检查如何在bash中加入字符串变量？