Perl 错误：使用哈希'use of uninitialized value in concatenation (.) or string'

Question

我有一个制表符分隔的文件：abc.txt。其数据类似于：

Pytul_T015270   Protein of unknown function
Pytul_T015269   Protein of unknown function
Pytul_T015255   Protein of unknown function
Pytul_T015297   Protein of unknown function

我正在创建一个解析器，它将这个abc.txt和其他两个文件作为输入，并通过从包中调用不同的子程序来解析这些文件：utility.pm

解析abc.txt的子程序在我的包中定义，utility.pm如下所示：

use strict;
sub readblast{
my $fileName = shift;
my %hash;
my %geneNameHash;
open PRED, $fileName or die "Can't open file $!n";
while (my $line=<PRED>) {
    chomp $line;
    #print $line,"n";
    (my $gene,my $desc) =  split /t/, $line;
    $hash{$gene} = $desc;
}
close(PRED);
return %hash;
}

我的parser.pl脚本使用散列如下：

my %blast=&utility::readblast($ARGV[2]);
for my $mRNA(keys %{ $featureHash{$scaffold}{$gene}}){
my $desc = $blast{$mRNA};
}

这里$featurehash是我从另一个文件中生成的另一个散列。并且CCD_ 5具有文件CCD_。

但是$desc的输出是空白的，我得到了错误：

Use of uninitialized value $desc in concatenation (.) or string at parser.pl

my $desc = $blast{$mRNA};有什么问题？为什么它不存储abc.txt的第二列？

Answer 1

以下保护措施防止尾随空行和可能的非制表符分隔符（通过使用带限制的split）：

#!/usr/bin/env perl
package My::Utility;
use strict;
use warnings;
sub read_blast {
    my $fh = shift;
    my %hash;
    while (my $line = <$fh>) {
        chomp $line;
        last unless $line =~ /S/;
        my ($key, $value) = split ' ', $line, 2;
        $hash{ $key } = $value;
    }
    return %hash;
}
package main;
my $blast = My::Utility::read_blast(*DATA);
while (my ($k, $v) = each %$blast) {
    print "'$k' => '$v'n";
}
__DATA__
Pytul_T015270   Protein of unknown function
Pytul_T015269   Protein of unknown function
Pytul_T015255   Protein of unknown function
Pytul_T015297   Protein of unknown function