医学成像(PyRadiomics)与.nii.gz文件

Question

我正在尝试实现该软件包：

https://pyradiomics.readthedocs.io/en/latest/usage.html

它看起来超级简单，但他们需要.nrrd文件。 我的文件是.nii.gz。我该如何解决这个问题？ 另外，有没有人尝试将PyRadiomics应用于TCIA数据？如果是这样，我可以看到你的github或Jupyter Notebook吗？

多谢。

Answer 1

您可以先将 NII 转换为 numpy 数组，然后使用以下方法将其转换为 NRRD：

NRRD和尼巴贝尔

import numpy as np
import nibabel as nib
import nrrd
# Download NII
example_filename = "image.nii.gz"
image = nib.load(example_filename)
# Turn into numpy array
array = np.array(img.dataobj)
# Save NRRD
nrrd_path_to = "image.nrrd"
nrrd.write(image_path_to, array)

Answer 2

虽然这些例子是.nrrd，但PyRadiomics使用SimpleITK进行图像操作。这使得PyRadiomics能够支持各种图像格式，包括.nii.gz。您不必转换它们。

Answer 3

DWIConverter 将 DICOM 系列中的扩散加权 MR 图像转换为nrrd格式，以便在切片器中进行分析。它解析 DICOM 标头以提取有关测量帧、扩散加权方向、b 值等的必要信息，并写出nrrd图像。对于非扩散加权 DICOM 图像，它会加载整个 DICOM 系列，并在.nhdr/.raw对中写出单个 DICOM 卷。

因此，可以使用此工具尝试将DICOM 文件中的 .nii.gz转换为nrrd格式。另外，你可以看看SlicerDMRI，这是一个类似的模块。