bash:python:.py:找不到命令

Question

我正在尝试在MacBook上安装的QIIME2 virtual machine中运行以下命令，但代码不起作用

validate_mapping_file.py -m Fasting_Map.txt -o mapping_output

这是链接：http：//qiime.org/tutorials/tutorial.html

我收到以下消息

bash：validate_mapping_file.py：找不到命令

我是unix/linux以及qiime的新手。我会非常感谢您的帮助...

Answer 1

要以这种方式执行python脚本，您需要三件事：

1. 该文件需要为您设置可执行文件。为此，请尝试使用：chmod u+x validate_mapping_file.py

2. 该文件需要从Shebang开始，例如#!/usr/bin/env python3，该文件将告诉系统使用Python3可根据您的环境执行

来运行脚本

3. 该文件需要在您的PATH环境变量中的目录之一中。您可以使用导出PATH=$PWD:$PATH添加当前目录或使用./validate_mapping_file.py代替validate_mapping_file.py（谢谢@grisha）

之后，您应该能够以之前尝试过的方式执行脚本。