RJDBC 问题:.jfindClass(as.character(driverClass)[1]) 中的错误:找不到类

Question

我已经在github和stackoverflow上阅读了一段时间的这个问题。

但是，我似乎没有找到解决问题的正确方法。

这是我所做的事情的过程：

不久前，我开始使用Spark，我遇到了一个与Java相关的错误，根据这篇文章，我通过以下方式解决了：

sudo rm /usr/bin/java
sudo ln -s /Library/Internet Plug-Ins/JavaAppletPlugin.plugin/Contents/Home/bin/java /usr/bin

今天，我尝试使用以下方法连接到我们的 Redshift 数据库：

redshift.drv <- JDBC('com.amazon.redshift.jdbc41.Driver',
                 '~/Amazon Redshift JDBC Driver/RedshiftJDBC41-1.1.10.1010.jar',
                identifier.quote="'")

引发以下错误：

Error in .jfindClass(as.character(driverClass)[1]) : class not found

根据我运行的 github 上的答案：

$ R CMD javareconf 
Java interpreter : /usr/bin/java
Java version     : 1.8.0_66
Java home path   : /Library/Internet Plug-Ins/JavaAppletPlugin.plugin/Contents/Home
Unable to locate an executable at "/Library/Internet Plug-Ins/JavaAppletPlugin.plugin/Contents/Home/bin/javac" (-1)
Java compiler    : not functional
Java headers gen.: /usr/bin/javah
Java archive tool: /usr/bin/jar
System Java on OS X
trying to compile and link a JNI program
detected JNI cpp flags    :
detected JNI linker flags :
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include -DPLATFORM_PKGTYPE='"mac.binary.mavericks"'    -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c conftest.c -o conftest.o
conftest.c:1:10: fatal error: 'jni.h' file not found
#include <jni.h>
     ^
1 error generated.
make: *** [conftest.o] Error 1
Unable to compile a JNI program

JAVA_HOME        : /Library/Internet Plug-Ins/JavaAppletPlugin.plugin/Contents/Home
Java library path:
JNI cpp flags    :
JNI linker flags :
Updating Java configuration in /Library/Frameworks/R.framework/Resources
Done.

哪个 1st） 抛出这个conftest.c:1:10: fatal error: 'jni.h' file not found错误，第 2 个）与 R 看到的不一致：

> J("java.lang.System")$getProperty("java.version")
[1] "1.6.0_65"

在这个阶段，我有一种"直觉"，即我为能够使用 Spark 而运行的命令是不够的，因为很明显我没有一致的环境。

因此，我的问题是：

有谁知道此设置的修复方法？允许 R 查看 1.8.0_66 版本的东西（查找'jni.h'文件等...

我

真的不需要重新做所有的Java安装，我只是想要一个干净，功能齐全的环境。

如果有任何帮助，此驱动程序可以完美运行：

prod.drv <- JDBC('com.microsoft.sqlserver.jdbc.SQLServerDriver',
             '~/sqljdbc_4.0/enu/sqljdbc4.jar',
             identifier.quote="'")

谢谢！

编辑：

我补充说：

setenv JAVA_HOME `/usr/libexec/java_home -v 1.8`

到我的.tcshrc文件并运行：

R CMD javareconf JAVA_CPPFLAGS=/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_73.jdk/Contents/Home/include/jni.h

（如果我没有明确传递JAVA_CPPFLAGS，它将无法找到它，获得与以前相同的错误）。

现在我收到以下错误：

Java interpreter : /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_73.jdk/Contents/Home/jre/bin/java
Java version     : 1.8.0_73
Java home path   : /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_73.jdk/Contents/Home
Java compiler    : /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_73.jdk/Contents/Home/bin/javac
Java headers gen.: /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_73.jdk/Contents/Home/bin/javah
Java archive tool: /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_73.jdk/Contents/Home/bin/jar
System Java on OS X
trying to compile and link a JNI program
detected JNI cpp flags: /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_73.jdk/Contents/Home/include/jni.h
detected JNI linker flags : -framework JavaVM
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_73.jdk/Contents/Home/include/jni.h -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include -DPLATFORM_PKGTYPE='"mac.binary.mavericks"'    -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c conftest.c -o conftest.o
clang: error: cannot specify -o when generating multiple output files
make: *** [conftest.o] Error 1
Unable to compile a JNI program
JAVA_HOME        : /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_73.jdk/Contents/Home
Java library path:
JNI cpp flags    :
JNI linker flags :
Updating Java configuration in /Library/Frameworks/R.framework/Resources
Done.

因此，任何帮助将不胜感激:)

Answer 1

我遇到了同样的问题

Error in .jfindClass(as.character(driverClass)[1]) : class not found

并且找不到让它工作的方法。我用RPostgreSQL库来解决它，使用这个答案：https://stackoverflow.com/a/30855566/1686839