python newbie-我在哪里错了

Question

完成初学者，所以很抱歉，如果这很明显！

我有一个名称的文件|/-或ig_name |在这样的长列表中的0 -

S1      +
IG_1    0
S2      -
IG_S3   0
S3      +
S4      -
dnaA    +
IG_dnaA 0

以IG_开头的所有内容都有相应的名称。我想将 或 - 添加到ig_name中。例如IG_S3是 S3是。

信息是基因名称和链信息，Ig =基因间区域。基本上，我想知道

的基因间区域是哪个链。

我认为我想要的：

open file
for every line, if the line starts with IG_*
    find the line with *
    print("IG_" and the line it found)
else 
    print line

我拥有的：

with open(sys.argv[2]) as geneInfo:
    with open(sys.argv[1]) as origin:
            for line in origin:
                    if line.startswith("IG_"):
                            name = line.split("_")[1]
                            nname = name[:-3]
                            for newline in geneInfo:
                                    if re.match(nname, newline):
                                            print("IG_"+newline)
                    else:
                            print(line)

with是混合列表，而geneinfo只有名称而不是ig_names。

使用此代码，我最终只包含一个包含其他语句的列表。

S1  +
S2  -
S3  +
S4  -
dnaA    +

我的问题是我不知道搜索有什么问题，所以我可以（尝试）修复它！

Answer 1

以下是一些逐步注释的代码，希望可以执行您想要的操作（尽管而不是使用print，但我已将结果汇总到列表中，因此您实际上可以使用它）。我不太确定您现有代码发生了什么（尤其是您如何处理两个文件？）

s_dict = {}
ig_list = []
with open('genes.txt', 'r') as infile: # Simulating reading the file you pass in sys.argv
    for line in infile:
        if line.startswith('IG_'):
            ig_list.append(line.split()[0]) # Collect all our IG values for later
        else:
            s_name, value = line.split()    # Separate out the S value and its operator
            s_dict[s_name] = value.strip()  # Add to dictionary to map S to operator
# Now you can go back through your list of IG values and append the appropriate operator
pulled_together = [] 
for item in ig_list:
    s_value = item.split('_')[1]
    # The following will look for the operator mapped to the S value. If it is 
    # not found, it will instead give you 'not found'
    corresponding_operator = s_dict.get(s_value, 'Not found') 
    pulled_together.append([item, corresponding_operator])
print ('List structure')
print (pulled_together)
print ('n')
print('Printout of each item in list')
for item in pulled_together:
    print(item[0] + 't' + item[1])

Answer 2

 nname = name[:-3]

python的切片在列表中非常有力，但正确理解可能很棘手。

写[：-3]时，您会采用除最后三个项目以外的所有内容。问题是，如果您的列表中的三个元素少于三个元素，则不会返回错误，而是一个空列表。

我认为这是事物不起作用的地方，因为每行的元素不多，它会返回一个空列表。如果您可以告诉您确切希望它能以示例或其他方式返回那里，那将有很大的帮助，因为我真的不知道您要在切片中得到什么。

Answer 3

这可以做您想要的吗？

from __future__ import print_function
import sys
# Read and store all the gene info lines, keyed by name
gene_info = dict()                            
with open(sys.argv[2]) as gene_info_file:
    for line in gene_info_file:
        tokens = line.split()
        name = tokens[0].strip()
        gene_info[name] = line

# Read the other file and lookup the names
with open(sys.argv[1]) as origin_file:
    for line in origin_file:
        if line.startswith("IG_"):
                name = line.split("_")[1]
                nname = name[:-3].strip()
                if nname in gene_info:
                    lookup_line = gene_info[nname]
                    print("IG_" + lookup_line)
                else:
                    pass # what do you want to do in this case?
        else:
            print(line)