移除循环:从包含所有实例之间距离的矩阵中提取邻居距离

Question

我正在尝试创建N个数据点与其K个邻居之间的距离矩阵。数据矩阵是NxA，因此距离矩阵Y_distances是NxN，并且每个i,jth条目是数据点i和j之间的距离。使用knnsearch，我有一个每个数据点及其K邻居的行号矩阵，称为IDX，然后我执行降维，并希望使用低维空间中相邻点之间的距离。我目前使用的for循环如下：

 no_neighbours=k;
 IDX = knnsearch(X,X,'K',no_neighbours);
 Y_Distances = sqrt(dist2(y, y));
for i = 1:N
    for j= 1:A
        Y_neighbour_distances = Y_Distances(i,IDX(i,j));
    end
end

关于如何避免这些循环的任何建议，因为它们在大型数据集上相当耗时。

Answer 1

您可能需要调用稀疏：

I = ndgrid(1:N, 1:K);
sparse(I, IDX, Y_Distances)