对每行的所有值求和，并使用 Bash 将结果写入新列中

Question

我有一个大文件(许多列(，通常看起来像：

Gene,A,B,C
Gnai3,2,3,4
P53,5,6,7
H19,4,4,4

我想对数据框的每一行求和并将其添加为新列，如下所示：

Gene,A,B,C,total
Gnai3,2,3,4,9
P53,5,6,7,18
H19,4,4,4,12

我尝试了awk -F, '{sum=0; for(i=1; i<=NF; i++) sum += $i; print sum}'但后来我无法为总数制作新列。

任何帮助将不胜感激。

Answer 1

你能试试下面的吗？

awk '
BEGIN{
FS=OFS=","
}
FNR==1{
print $0,"total"
next
}
{
for(j=2;j<=NF;j++) 
$(NF+1)+=$j
}
$1=$1
}
1
' Input_file

---

---

第二个解决方案：根据OP的注释添加解决方案以仅打印第一列和总和。

BEGIN{
FS=OFS=","
}
FNR==1{
print $0,"total"
next
}
{
for(j=2;j<=NF;j++) 
sum+=$j
}
print $1,sum
sum=""
}
' Input_file

Answer 2

可以在这里使用 perl：

perl -MList::Util=sum0 -F, -lane '
print $_, ",", ($. == 1 ? "total" : sum0( @F[1..$#F] ));
' file

Answer 3

要添加新列，只需增加列数并为新列分配一个值：

NF++; $NF=sum

做：

awk -v OFS=, -F, 'NR>1{sum=0; for(i=1; i<=NF; i++) sum += $i; NF++; $NF=sum } 1'

Answer 4

仅使用 bash：

#!/bin/bash
while read -r row; do
sum=
if [[ $row =~ (,[0-9]+)+ ]]; then
numlist=${BASH_REMATCH[0]}
sum=,$((${numlist//,/+}))
fi
echo "$row$sum"
done < datafile

这里有一些关于数据文件中的行的假设：要求和的数值字段是非负整数，第一个字段不是数值字段(即使它是数值字段，它也不会参与总和(。此外，数值字段是连续的，也就是说，两个数值字段之间没有非数值字段。而且，总和不会溢出。