我想安装shapeit用于GWAS定相和输入。我从Shapeit网站下载了适用于macos的Shapeit版本:
https://mathgen.stats.ox.ac.uk/genetics_software/shapeit/shapeit.html#download
我提取了该文件,得到了shapeit可执行文件、示例文件夹和licience文件。
接下来,我在Mac中打开终端,cd目录到shapeit文件夹,并键入命令行作为网站指南:
shapeit -B gwas
-M genetic_map.txt
-O gwas.phased
我得到了回应:
shapeit command not found.
我想这意味着我需要安装shapeit或者为shapeit设置一个路径。但我不知道该怎么办。我对Macos很陌生。
有人能帮我吗?
- 尝试
./shapeit
而不是shapeit
,或者 - 请先运行
cp shapeit /usr/local/bin
,然后重试