找不到shapeit命令-shapeit安装用于GWAS定相



我想安装shapeit用于GWAS定相和输入。我从Shapeit网站下载了适用于macos的Shapeit版本:

https://mathgen.stats.ox.ac.uk/genetics_software/shapeit/shapeit.html#download

我提取了该文件,得到了shapeit可执行文件、示例文件夹和licience文件。

接下来,我在Mac中打开终端,cd目录到shapeit文件夹,并键入命令行作为网站指南:

shapeit -B gwas 
        -M genetic_map.txt 
        -O gwas.phased

我得到了回应:

shapeit command not found.

我想这意味着我需要安装shapeit或者为shapeit设置一个路径。但我不知道该怎么办。我对Macos很陌生。

有人能帮我吗?

  1. 尝试./shapeit而不是shapeit,或者
  2. 请先运行cp shapeit /usr/local/bin,然后重试

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