r-查找区间(段)的成对重叠

Question

我们得到了两组区间A和B。我所说的区间是指一对有序的整数，比如c(2,5)。我想找到所有有重叠的区间对——一个来自A，一个来自于B。

例如，如果A和B如下：

A=c(c(1,7), c(2,5), c(4, 16))
B=c(c(2,3), c(2,20))

那么FindOverlap(A, B)应该返回如下矩阵（唯一的零元素是因为A的第三个区间与B的第一个区间不重叠）：

1 1
1 1
0 1

你有什么有效的想法吗？

Answer 1

intervals包似乎在这里提供了一个解决方案：

require("intervals")
A <- rbind(A1=c(1,7), A2=c(2,5), A3=c(4, 16))
B <- rbind(B1=c(2,3), B2=c(2,20))
# here you can also define if it is an closed or open interval
Aint <- Intervals(A)
Bint <- Intervals(B)
# that should be what you are looking for    
interval_overlap(Aint, Bint)

一个很好的演示

Answer 2

下面是我为做同样的事情而编写的一个小函数。它可以显著改善。不过问题很有趣。

f <- function(A,B){
  tmpA <-  lapply( A , function(x) min(x):max(x) )
  tmpB <-  lapply( B , function(x) min(x):max(x) )
  ids <- expand.grid( seq_along( tmpA ) , seq_along( tmpB ) )
  res <- mapply( function(i,j) any( tmpA[[i]] %in% tmpB[[j]] ) , i = ids[,1] , j = ids[ ,2] )
  out <- matrix( res , nrow = length( tmpA ) )
  return( out * 1 )
  }
 f(A,B)
     [,1] [,2]
[1,]    1    1
[2,]    1    1
[3,]    0    1