为什么这个 awk 脚本看不到 shell 变量?



请告诉我为什么这个程序不工作??帮我改进一下。

for i in $(seq 2 30); do awk '{if ($i < 0.05) print $1,$i}' test.txt > phen_$i.txt; done

文件test.txt如下所示:

name    phen1   phen2
rs549   0.02    0.02
rs699   0.03    0.03
rs701   1   1
rs751   0.449   0.449
rs884   1   1
rs923   0.9775  0.02
rs970   0.9836  0.03
rs1085  0.0001  0.99
rs1220  0.9316  0.9316

输出文件应为两个不同的文件,即phen_2.txt和phen_3.txt,根据if条件,分别包含col1和col2以及col1和col3。

phen_2.txt的预期结果:

rs549 0.02
rs699 0.03
rs1085 0.0001

phen_3.txt的预期结果:

rs549 0.02
rs699 0.03
rs923 0.02
rs970 0.03

请帮忙!

for ((i = 2; i <= 30; i++)); do awk -v i="$i" '$i < 0.05 {print $1, $i}' test.txt > "phen_$i.txt"; done

使用变量传递(-v)将shell变量获取到AWK脚本中。

你不需要seq

编辑:

修正了我的一些过分热心和糟糕的错误。

以下是如何在AWK中完全完成相同的操作:

awk '{for (i = 2; i <= 30; i++) {if ($i < 0.05) {print $1, $i > "phen_" i ".txt"}}}' test.txt

这只会遍历输入文件一次,但它会遍历每一行输入的输出文件集。shell版本重复读取输入文件,但向每个输出文件写入一次。

使用$'$i'而不是$:

for i in $(seq 2 30)
do
  awk '{if ($'$i' < 0.05) print $1,$'$i'}' test.txt > phen_$i.txt
done

问题是bash中的$i无法进入' '字符串。因此,您需要在$i之前关闭该字符串,然后再次打开它。

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