运行bowtie2时breseq出错

我最近尝试使用breseq来分析一些细菌测序数据。然而，当breseq使用bowtie2将原始数据与参考基因组比对时，我遇到了一个致命的错误。

以下是我得到的错误的关键部分：
+++ NOW PROCESSING Read alignment to reference genome [system] bowtie2-build -q test_breseq/data/reference.fasta test_breseq/02_reference_alignment/reference [system] bowtie2 -t -p 4 --local -L 31 --ma 1 --mp 3 --np 0 --rdg 2,3 --rfg 2,3 --ignore-quals -k 2000 -i S,1,0.25 --score-min L,0,0.9 --reorder -x test_breseq/02_reference_alignment/reference -U test_breseq/01_sequence_conversion/MRSA_10C.1.converted.fastq -S test_breseq/02_reference_alignment/MRSA_10C.1.stage1.sam --un test_breseq/02_reference_alignment/MRSA_10C.1.stage1.unmatched.fastq Error: the match penalty is greater than 0 (1) but the --score-min function can be less than or equal to zero. Either let the match penalty be 0 or make --score-min always positive. Error: Encountered internal Bowtie 2 exception (#1) Command: /usr/bin/bowtie2-align-s --wrapper basic-0 -t -p 4 --local -L 31 --ma 1 --mp 3 --np 0 --rdg 2,3 --rfg 2,3 --ignore-quals -k 2000 -i S,1,0.25 --score-min L,0,0.9 --reorder -x test_breseq/02_reference_alignment/reference --passthrough -U test_breseq/01_sequence_conversion/MRSA_10C.1.converted.fastq (ERR): bowtie2-align exited with value 1 !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!> FATAL ERROR <!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! Error running command: [system] bowtie2 -t -p 4 --local -L 31 --ma 1 --mp 3 --np 0 --rdg 2,3 --rfg 2,3 --ignore-quals -k 2000 -i S,1,0.25 --score-min L,0,0.9 --reorder -x test_breseq/02_reference_alignment/reference -U test_breseq/01_sequence_conversion/MRSA_10C.1.converted.fastq -S test_breseq/02_reference_alignment/MRSA_10C.1.stage1.sam --un test_breseq/02_reference_alignment/MRSA_10C.1.stage1.unmatched.fastq Result code: 256 FILE: libbreseq/common.h LINE: 1384 !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!

运行bowtie2(samtools，转换FASTQ)之前的所有步骤都正常工作。根据误差，这是因为分数最小函数，该函数的最小分数为0(--score-min L,0,0.9)。当我将函数更改为--score-min L,0.1,0.9(0被0.1替换)时，bowtie2的命令单独起作用。但看起来这部分是在breseq中编码的(不是吗？)。

关于我的问题的更多详细信息：
-运行breseq的命令是：breseq -o OUTPUT_DIR -j 4 -r REFERENCE.fastq RAWDATA.1.FASTQ.GZ RAWDATA.2.FASTQ.GZ
-原始数据类型：MiSeq(150x2)
-bowtie2的版本：2.3.0
breseq的版本：0.29.0
-OS:Linux 16.04 LTS
--测试也得到了类似的错误。

这是个错误还是我用错了？如有任何意见或建议，我将不胜感激。