r-使用roxygen2记录数据集

Question

我正试图使用roxygen2在R包中记录一些数据集。仅考虑其中之一：

• 我有mypkg/data/CpG.human.GRCh37.RDa
• 它包含一个名为CpG.human.GRCh37的对象

• 和一个名为：mypkg/R/cpg-data.R的文件，其中包含：

  #' @name CpG.human.GRCh37
  #' @title CpG islands - human - genome build: GRCh37/hg19
  #' @description This data set list the genomic locations of human CpG islands,
  #' with coordinates based on the GRCh37 / hg19 genome build.
  #' @docType data
  #' @usage CpG.human.GRCh37
  #' @format a code{RangedData} instance, 1 row per CpG island.
  #' @source UCSC Table Browser
  #' @author Mark Cowley, 2012-03-05
  #' @export
  NULL
  

当我加氧时，它被创建为mypkg/man/CpG.human.GRCh37.Rd，包含：

    docType{data}
    name{CpG.human.GRCh37}
    alias{CpG.human.GRCh37}
    title{CpG islands - human - genome build: GRCh37/hg19}
    format{a code{RangedData} instance, 1 row per CpG island.}
    source{
      UCSC Table Browser
    }
    description{
      This data set list the genomic locations of human CpG
      islands, with coordinates based on the GRCh37 / hg19
      genome build.
    }
    author{
      Mark Cowley, 2012-03-05
    }
    usage{CpG.human.GRCh37}
    keyword{datasets}

并且CCD_ 5被添加到CCD_。

但当我R CMD CHECK时，我得到：

...
** testing if installed package can be loaded
Error in namespaceExport(ns, exports) : 
  undefined exports: CpG.human.GRCh37
Error: loading failed
...

我没有告诉R在哪里可以找到这个数据集，尽管我认为mypkg/data/<name>.RDa是一个很好的第一猜测。任何暗示都会很棒。

如果Hadley在观察，我会注意到没有创建\usage部分，并且会忽略@usage指令。

我使用的是R 2.13.1 上的roxygen-2.2.2

Answer 1

这需要2个修复：

1. 如Writing R extensions 1.1.5，Data in packages中所述，将对象保存为.rda而不是.RDa
2. 从Roxygen上删除@export