在 GT 回归中设置指定的因子水平作为参考?

Question

我正在使用 gtsummary 包从逻辑回归生成表。

例如，我想使用试验数据中的阶段级别"T3"作为参考级别，而不是默认的"T1"。如何在此示例代码中执行此操作？

我的目标是对单变量和多变量逻辑回归执行此操作，因此我假设答案适用于这两种情况。

library(gtsummary)
library(dplyr)
trial %>%
dplyr::select(age, trt, marker, stage, response, death, ttdeath) %>%
tbl_uvregression(
method = glm,
y = death,
method.args = list(family = binomial),
exponentiate = TRUE,
pvalue_fun = function(x) style_pvalue(x, digits = 2)) %>%
# overrides the default that shows p-values for each level
add_global_p() %>%
# adjusts global p-values for multiple testing (default method: FDR)
add_q() %>%
# bold p-values under a given threshold (default 0.05)
bold_p() %>%
# now bold q-values under the threshold of 0.10
bold_p(t = 0.10, q = TRUE) %>%
bold_labels() %>% as_gt()

真诚地 耐 莉

Answer 1

我通过使用forcats函数"fct_relevel"将分类变量的所需水平设置为参考，设法解决了自己的问题。

trial$stage <- forcats::fct_relevel(trial$stage, "T3")