R-使用knitr ::编织编辑多个RNW文件

Question

我有一个基本文件夹结构，看起来像：

> Top/    
    > FolderA/
    > FolderB/

以及每个foldera/and folderb/...等。有一个名为myfile.rnw

的文件

每个RNW文件都包含以下代码：

<<setup, eval=TRUE, include=FALSE, echo=FALSE>>=
library(knitr)
library(dplyr)
library(ggplot2)
opts_chunk$set(fig.path=paste("figure", unique_letter, "/", unique_letter, sep="")) 
#pretend that unique_letter makes the figure path unique for each rnw file
@
documentclass[10pt]{article}
begin{document}
Hello. This is file A. See the figure below.
<<plot, fig.cap="My test caption", include=TRUE, echo=FALSE>>=
a = data.frame(A = seq(1:100)) %>% 
  mutate(B = A^3)
myplot = ggplot()+
  geom_area(data = a, aes(x = A, y = B))
myplot
@
end{document}

我试图使用Knitr和以下代码编译每个RNW文件：

library(knitr)
mylist = list.files(path = "Path/To/Top",
                   pattern = ".rnw",
                   full.names = TRUE,
                   recursive = TRUE,
                   ignore.case = TRUE,
                   include.dirs = FALSE)
for (i in 1:length(mylist)) {
  knit(mylist[[i]], output = paste(dirname(mylist[[i]]), "/myfile.tex", sep = ""))
}

但是，当我运行代码来编译多个RNW文件时，我最终会带有.Tex文件，但没有文件夹可以容纳所有数字。我使用以下链接作为参考(前两个非常相关(：

Sweave可以自动产生许多PDF吗？

使用knitr循环生成多个PDF报告...需要一点帮助才能让我越过驼峰

然后，这似乎是相关的，因为在我的真实文件夹结构中，RNW文件正在采购多个R分析文件(.R(和一般RNW文件，用于重复文本，并替换了一些变量。

https://github.com/yihui/knitr/sissues/913

尽管我认为这不完全相关，因为我可以分别将PDF文档与RNW文件相同的目录中。

我似乎无法使用knit2pdf，因为它无法与我的R版本一起使用(我正在恢复后退，以便我可以使用它(。

i确实有下一步将.TEX文件转换为PDF的步骤，但是.TEX文件现在不会立即编译，因为未针对RNW文件创建图形文件夹。任何帮助都将不胜感激！

Answer 1

我认为数字文件夹在您的工作目录中。在循环中，您可以尝试添加setwd指向最终Tex文件的目录。即使在这样的脚本中间更改目录并不真正干净，您也应该直接使用针织来创建PDF文件。如果这是R版本的问题，您应该真正更新...