绘图决策树，graphvizm pydotplus

Question

我遵循scikit文档决策树教程。我有pydotplus 2.0.2，但它告诉我它没有write方法-下面的错误。我已经纠结了一段时间了，有什么想法吗?很多谢谢!

from sklearn import tree
from sklearn.datasets import load_iris
iris = load_iris()
clf = tree.DecisionTreeClassifier()
clf = clf.fit(iris.data, iris.target)
from IPython.display import Image
dot_data = tree.export_graphviz(clf, out_file=None)
import pydotplus
graph = pydotplus.graphviz.graph_from_dot_data(dot_data)
Image(graph.create_png())

我的错误是

    /Users/air/anaconda/bin/python /Users/air/PycharmProjects/kiwi/hemr.py
Traceback (most recent call last):
  File "/Users/air/PycharmProjects/kiwi/hemr.py", line 10, in <module>
    dot_data = tree.export_graphviz(clf, out_file=None)
  File "/Users/air/anaconda/lib/python2.7/site-packages/sklearn/tree/export.py", line 375, in export_graphviz
    out_file.write('digraph Tree {n')
AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'write'
Process finished with exit code 1

----- UPDATE -----

使用out_file修复，它抛出另一个错误:

 Traceback (most recent call last):
  File "/Users/air/PycharmProjects/kiwi/hemr.py", line 13, in <module>
    graph = pydotplus.graphviz.graph_from_dot_data(dot_data)
  File "/Users/air/anaconda/lib/python2.7/site-packages/pydotplus/graphviz.py", line 302, in graph_from_dot_data
    return parser.parse_dot_data(data)
  File "/Users/air/anaconda/lib/python2.7/site-packages/pydotplus/parser.py", line 548, in parse_dot_data
    if data.startswith(codecs.BOM_UTF8):
AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'startswith'

---- UPDATE 2 -----

Answer 1

问题是您将参数out_file设置为None。

如果您查看文档，如果您将其设置为None，它将直接返回string文件，而不创建文件。当然，string没有write方法。

因此，执行如下操作:

dot_data = tree.export_graphviz(clf)
graph = pydotplus.graphviz.graph_from_dot_data(dot_data)

Answer 2

方法graph_from_dot_data()没有为我工作，即使为out_file指定正确的路径。

尝试使用graph_from_dot_file方法:

graph = pydotplus.graphviz.graph_from_dot_file("iris.dot")

Answer 3

今天早上我遇到了同样的错误。我用python3。下面是我解决这个问题的方法。

from sklearn import tree
from sklearn.datasets import load_iris
from IPython.display import Image
import io
iris = load_iris()
clf = tree.DecisionTreeClassifier()
clf = clf.fit(iris.data, iris.target)
# Let's give dot_data some space so it will not feel nervous any more
dot_data = io.StringIO()
tree.export_graphviz(clf, out_file=dot_data)
import pydotplus
graph = pydotplus.graphviz.graph_from_dot_data(dot_data.getvalue())
# make sure you have graphviz installed and set in path
Image(graph.create_png())

如果你使用python 2。x，我认为你需要将"import io"更改为:

import StringIO

,

dot_data = StringIO.StringIO()

希望能有所帮助。

Answer 4

另一个问题是我的Graphviz的backend设置!!这里解得很好。您只需要查找该设置文件并更改后端，或者按照注释中的建议在代码mpl.use("TkAgg")中更改后端。在我只得到pydotplot找不到我的Graphviz可执行文件的错误之后，因此我通过homebrew重新安装了Graphviz: brew install graphviz解决了这个问题，我现在可以制作情节了!!

Answer 5

真正帮助我解决问题的是:-我从安装graphviz的同一用户处执行了代码。所以从其他用户执行会出现错误

Answer 6

我建议避免使用graphviz &使用以下替代方法

from sklearn.tree import plot_tree
plt.figure(figsize=(60,30))
plot_tree(clf, filled=True);