R-幸存循环 - P值

Question

我正在尝试使用一个新的数据框架来将我的当前数据框架列为一个新的数据框架，该数据框架列出了我在一个列中调查的基因，而p值则在另一列中(对于每个基因(。p>我有一个称为M3的数据框，如下所示：

Sample #          BRCA       TP53        MYC       Status       Overall Survival
1                   0          1          1          0             5.8
2                   1          0          0          1             8.4
3                   0          0          1          1             2.2
4                   0          0          0          0             16.2

我的实际数据框架的尺寸为72 x258。我正在尝试循环遍历每一列，并计算我正在运行的生存分析的p值。我正在尝试确定具有特定突变是否会导致统计学上显着的生存差异。我表示患者对每个基因的突变为1。

我只写了一个列的生存功能，但是我想循环遍历每个列，然后最终将其子集以创建新的数据框架。我不确定是否明智地使用申请功能(我读过很常见(或用于循环。

survfit(Surv(m3$Overall.Survival, m3$Status) ~m3$BRCA2, data = m3

我最初尝试过，但它没有起作用...

for (col in 2:ncol(m3) ){surv.mod.list[col] <- survfit(S ~ m3[ , col], data = m3)}

您能帮我循环吗？

Answer 1

使用 lapply()呢？

library(survey)
m3.lst <- lapply(2:(ncol(m3)), function(x) {
  survfit(Surv(m3$Overall.Survival, m3$Status) ~ m3[, x], data = m3)
  })
m3.lst