Perl 中未定义的子例程和主要错误

Question

我正在尝试从这个 FASTA 文件中提取一个 DNA 序列到每行指定长度的碱基，比如 40。

> sample dna  (This is a typical fasta header.)
agatggcggcgctgaggggtcttgggggctctaggccggccacctactgg
tttgcagcggagacgacgcatggggcctgcgcaataggagtacgctgcct
gggaggcgtgactagaagcggaagtagttgtgggcgcctttgcaaccgcc
tgggacgccgccgagtggtctgtgcaggttcgcgggtcgctggcgggggt

使用此 Perl 模块 （fasta.pm）：

package fasta;
use strict;
sub read_fasta ($filename) {
    my $filename = @_;
    open (my $FH_IN, "<", $filename) or die "Can't open file: $filename $!";
    my @lines = <$FH_IN>;
    chomp @lines;
    return @lines;
}
sub read_seq (@lines) {
    my $linesRef = @_;
    my @lines = @{$linesRef};
    my @seq;
    foreach my $line (@lines) {
        if ($line!~ /^>/) {
            print "$linen";
            push (@seq, $line);
        }
    }
    return @seq;
}
sub print_seq_40 (@seq) {
    my $linesRef = @_;
    my @lines = @{$linesRef};
    my $seq;
    foreach my $line (@lines) {
        $seq = $seq.$line;
    }
    my $i= 0;
    my $seq_line;
    while (($i+1)*40 < length ($seq)) {
        my $seq_line = substr ($seq, $i*40, 40);
        print "$seq_linen";
        $i++;
    }
    $seq_line = substr ($seq, $i*40);
    print "$seq_linen";
}
1;

主剧本是

use strict;
use warnings;
use fasta;
print "What is your filename: ";
my $filename = <STDIN>;
chomp $filename;
my @lines = read_fasta ($filename);
my @seq = read_seq (@lines);
print_seq_40 (@seq);
exit;

这是我得到的错误

Undefined subroutine &main::read_fasta called at q2.pl line 13, <STDIN> line 1.

谁能启发我做错了哪一部分？

Answer 1

看起来你对此一无所获。

我认为你选择使用模块和子例程有点奇怪，因为你只调用每个子例程一次，而且实际上对应于很少的代码。

你的程序和模块都需要从use strict和use warnings开始，你不能在Perl子例程中使用这样的原型。包括许多其他错误，这更接近您需要的代码。

package Fasta;
use strict;
use warnings;
use 5.010;
use autodie;
use base 'Exporter';
our @EXPORT = qw/ read_fasta read_seq print_seq_40 /;
sub read_fasta {
  my ($filename) = @_;
  open my $fh_in, '<', $filename;
  chomp(my @lines = <$fh_in>);
  @lines;
}
sub read_seq {
  my ($lines_ref) = $_[0];
  grep { not /^>/ } @$lines_ref;
}
sub print_seq_40 {
  my ($lines_ref) = @_;
  print "$_n" for unpack '(A40)*', join '', @$lines_ref;
}
1;

q2.pl

use strict;
use warnings;
use Fasta qw/ read_fasta read_seq print_seq_40 /;
print "What is your filename: ";
my $filename = <STDIN>;
chomp $filename;
my @lines = read_fasta($filename);
my @seq = read_seq(@lines);
print_seq_40(@seq);

Answer 2

您需要：

• 添加到您的模块：

  use Exporter;
  our @EXPORT = qw ( read_fasta
                     read_seq ); #etc.
  

• 显式调用远程模块中的代码：

  fasta::read_fasta();
  

• 显式导入模块子：

  use fasta qw ( read_fasta );
  

另外：模块的一般约定是模块名称的第一个字母大写。

Answer 3

在Perl中，如果你use fasta;，这不会自动将其所有方法导出到程序的命名空间中。改为呼叫fasta：：read_fasta。

或者：使用导出器自动导出方法或启用类似 use Fasta qw/read_fasta/ .

例如：

package Fasta;
require Exporter;
our @ISA = qw(Exporter);
our @EXPORT_OK = qw/read_fasta read_seq read_seq40/;

要使用：

use Fasta qw/read_fasta read_seq read_seq40/;

您还可以使 Fasta 自动导出所有方法或定义关键字以对方法进行分组，尽管后者过去给我带来了一些问题，只有当您确定值得麻烦时，我才会推荐它。

如果要使所有方法都可用：

package Fasta;
use Exporter;
our @ISA = qw(Exporter);
our @EXPORT = qw/read_fasta read_seq read_seq40/;

注意 @EXPORT不是@EXPORT_OK。后者允许稍后导入它们（就像我所做的那样），前者会自动导出所有内容。我链接到的文档清楚地表明了这一点。

我只是注意到了别的东西。您正在将 @_ 展平为read_fasta中的$filename。我不确定这是否有效。试试这个：

sub read_fasta {
   my $filename = $_[0]; # or ($filename) = @_; @_ is an array. $filename not.
}

解释这个问题：$filename = @_;的意思是：将@_（数组）存储到$filename（标量）中。Perl 是这样做的：ARRAY 长度存储在 $filename 中。这不是你想要的。您需要数组的第一个元素。那将是 $_[0]。

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