r语言 - 使用 knitr，在将块放入单独的文件时保留块选项

Question

出于教学目的，我想将.Rnw文件的块purl到单独的文件中。这个答案解释了如何做到这一点：

如何在 中咕噜咕噜地呼噜Rmd 文件到多个 .使用 Knitr 的 R 文件

但该方法不保留块选项。由于我拥有的块产生情节，因此保留fig.width和fig.height选项很重要。理想情况下，我想要一个看起来像这样的块：

<<plot, fig.width = 3, fig.height = 5, outwidth = '.75\textwidth'>>=
plot (1,1)
@

成为名为 plot.R 的文件，如下所示：

#+ fig.width = 3, fig.height = 5
plot (1,1)

也就是说，将块选项fig.width和fig.height转换为spin()可以识别的格式，就像purl()一样，并摆脱不相关的块选项，或者为spin() Word带来问题，例如out.width。所有这些都本着创建用户友好的代码文件的精神。

Answer 1

由于您引用的答案不会从 purl 的结果中复制标题行，因此您将丢失除块名称之外的所有内容。虽然你可以调整它以粘贴到标题中，但实际上构建一个函数来解析purl的输出并不难——无论如何，这比尝试解析Rmd或Rnw文档要容易得多，也比整理knitr如何做到这一点要容易得多。

purl_chunks <- function(input_file){
  purled <- knitr::purl(input_file)    # purl original file; save name to variable
  lines <- readLines(purled)    # read purled file into a character vector of lines
  starts <- grep('^## ----.*-+', lines)    # use grep to find header row indices
  stops <- c(starts[-1] - 1L, length(lines))   # end row indices
  # extract chunk names from headers
  names <- sub('^## ----([^-]([^,=]*[^,=-])*)[,-][^=].*', '\1', lines[starts])
  names <- ifelse(names == lines[starts], '', paste0('_', names)) # clean if no chunk name
  # make nice file names with chunk number and name (if exists)
  file_names <- paste0('chunk_', seq_along(starts), names, '.R')
  for(chunk in seq_along(starts)){    # loop over header rows
    # save the lines in the chunk to a file
    writeLines(lines[starts[chunk]:stops[chunk]], con = file_names[chunk])
  }
  unlink(purled)    # delete purled file of entire document
}

几点说明：

• 虽然正则表达式适用于我扔给它的东西，但它可能是错误的。测试：
  • 无区块名称
  • 没有名称，但块设置
  • 带连字符的名称
  • 单字符名称
  • 带空格的名称，包括之后（逗号/大括号之前）
• 由于.Rnw和.Rmd文件都purl相同，因此它适用于任何一个。
• 它使用默认设置（1L）作为purl的documentation参数。 0L不会有块标题，因此在这里毫无意义，但它会愚蠢地处理2L（包括文本块作为roxygen注释）。但是，如果您想要具有以下代码块的文本块，则可以为此重建它。
• 虽然 purl 的输出标题行看起来与上面的示例不完全相同（它们以 ## ---- 开头并用连字符填充），但它们spin正确;结果遵循块选项。