转换为argparse时，字符串索引超出范围

Question

我从optparse更改为argparse，但当我试图运行它时，我得到以下错误:

    if not option_string[0] in self.prefix_chars:
IndexError: string index out of range

我的代码是:

usage = "%prog -f <fasta TFs> -a <database all> -s <database small> -d <pfam database> [options]"
version = "1.0.1"
description = " "
epilog = " "
         " "
parser = argparse.ArgumentParser(usage=usage, description=description,
                      version="%prog "+version, epilog=epilog)
# options for running the program
# TF file
parser.add_argument("-f", "",  dest="TF", metavar="<file>",
                        help="input file with transcription factors")
parser.set_defaults(fasta=None)

我找不到这个错误来自哪里，如何解决这个问题?

Answer 1

在argparse中，你不能将空参数字符串传递给add_argument。Argparse试图找到一个有效的prefix_char(例如:"-"或"——")，导致错误。试试这个:

parser.add_argument("-f",  dest="TF", metavar="<file>",
                    help="input file with transcription factors")

Answer 2

得到此错误的唯一方法是请求一个不存在的索引——在这种情况下，option_string必须为空。