字母组 游戏-豪威尔 在 R 中 posthoc .

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我使用Rlibrary agricolae中包含的sweetpotato database

数据(甘薯) 此数据集包含两个变量:产量(连续变量)和病毒(因子变量)。

由于 Levene 检验很重要,我不能假设方差的同质性,我在 R 中应用韦尔奇检验而不是单因素方差分析,然后是 Tukey posthoc。

然而,问题来自我应用事后测试时。在Tukey事后测试中,我使用library(agricolae)并向我显示病毒组之间的上标字母。因此没有问题。

尽管如此,为了执行 Games-Howell posthoc,我使用library(userfriendlyscience)并获得 Games-Howell 输出,但我不可能获得病毒组之间的字母上标比较,因为它是通过library(agricolae)获得的。

使用它的代码如下:

图书馆(用户友好科学)

数据(甘薯)

单向<-单向(甘薯$病毒, y=甘薯$产量, posthoc = "游戏-豪威尔")

单程

我尝试使用以前library(multcompView)导入cld()但不起作用。

有人可以帮助我吗?

提前谢谢。

此功能目前在userfriendlyscience中不存在。通过查看数据帧的行名和事后检验结果,可以查看哪些均值不同,哪些 p 值不同。我不确定哪个包包含sweetpotato数据集,但使用 R 附带的ChickWeight数据集(并在oneway手册页上使用):

oneway(y=ChickWeight$weight, x=ChickWeight$Diet, posthoc='games-howell');

收益 率:

### (First bit removed as it's not relevant.)
### Post hoc test: games-howell
diff  ci.lo ci.hi    t     df     p
2-1 19.97   0.36 39.58 2.64 201.38  .044
3-1 40.30  17.54 63.07 4.59 175.92 <.001
4-1 32.62  13.45 51.78 4.41 203.16 <.001
3-2 20.33  -6.20 46.87 1.98 229.94  .197
4-2 12.65 -10.91 36.20 1.39 235.88  .507
4-3 -7.69 -33.90 18.52 0.76 226.16  .873

前三行将组 2、3 和 4 与 1 进行比较:使用 alpha = .05,1 和 2 具有相同的均值,但 3 和 4 更高。这允许您计算multcompViewmultCompLetters所需的逻辑向量。根据手册页中的示例?multcompView

### Run oneway anova and store result in object 'res'
res <- oneway(y=ChickWeight$weight, x=ChickWeight$Diet, posthoc='games-howell');
### Extract dataframe with post hoc test results,
### and overwrite object 'res'
res <- res$intermediate$posthoc;
### Extract p-values and comparison 'names'
pValues <- res$p;
### Create logical vector, assuming alpha of .05
dif3 <- pValues > .05;
### Assign names (row names of post hoc test dataframe)
names(dif3) <- row.names(res);
### convert this vector to the letters to compare
### the group means (see `?multcompView` for the
### references for the algorithm):
multcompLetters(dif3);

这将产生最终结果:

2     3     4     1 
"a"   "b"   "c" "abc"

这就是你需要的,对吧?

我在userfriendlyscience中添加了此功能,但这个新版本还需要一段时间才能出现在 CRAN 上。同时,如果需要,您可以在 https://github.com/Matherion/userfriendlyscience/blob/master/R/oneway.R 获取此更新的源代码(按"原始"按钮以获取易于下载的源代码版本)。

请注意,如果需要此更新版本,则需要将参数posthocLetters设置为TRUE,因为它默认是FALSE的。例如:

oneway(y=ChickWeight$weight,
x=ChickWeight$Diet,
posthoc='games-howell',
posthocLetters=TRUE);

不应该是dif3 <- pValues < .05,而不是dif3 <- pValues > .05

这样,如果分布"相同",则字母是相同的(这是,没有证据表明它们是不同的)。

如果我解释错误,请纠正我。

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