如何将置信度值整合到DNA色谱图图像中

Question

我正在使用biojava来创建色谱图。

色谱图为图像。每个基调用都保存在一个矩形中。

获取 x 坐标(左侧(：gfx.getCallboxBounds(int i(.getX((;

要获取宽度： gfx.getCallboxBounds(int i(.getX((

其中，整数 i 表示构建色谱图的矩形排列中的矩形。

要获取给定碱基的置信度值，请执行以下操作：

(我创建了一个名为信心的数组(信心[i - 1];

我在哪里，再次，有问题的基地。

报告的置信度值介于 1 和 70 之间。图像的高度为 240 像素。

我想在序列的相对高度打印 2 像素厚的灰色线条，用于每个基调用的宽度。

例如，如果 basecall(矩形(60 的质量为 40，宽度为 20，则将在其宽度为 137 像素 (40/70 * 240( 处绘制一条灰线。

下面是绘制跟踪的方法：

    ChromatogramFactory chromFactory = new ChromatogramFactory();
    Chromatogram chrom = ChromatogramFactory.create(abi);
    ChromatogramGraphic gfx = new ChromatogramGraphic(chrom);
    BufferedImage bi = new BufferedImage(
            gfx.getWidth(),
            gfx.getHeight(),
            BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
    Graphics2D g2 = bi.createGraphics();
    g2.setBackground(Color.white);
    g2.clearRect(0, 0, bi.getWidth(), bi.getHeight());
    if (g2.getClip() == null) {
        g2.setClip(new Rectangle(0, 0, bi.getWidth(), bi.getHeight()));
    }
    g2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
    gfx.drawTo(g2);
    g2.draw(new java.awt.Rectangle(-10, -10, 5, 5));

编辑：此外，序列长度与矩形的数量相同。序列中的每个字母表示一个基调用，每个矩形也是如此。

Answer 1

使用下面的代码，我能够在相对位置添加行以给出置信度值：

    int leftBound = 0;
    int rightBound = 0;
    double confVal = 0;
    double heightDouble = 0;
    int height = 0;
    g2.setColor(Color.LIGHT_GRAY);
    for (int i = 0; i < gfx.getCallboxCount(); i++) {
        leftBound = (int) gfx.getCallboxBounds(i).getX();
        rightBound = (int) ((int) leftBound + gfx.getCallboxBounds(i).getWidth());
        confVal = confidence[i] * 2.67;
        heightDouble = 200 - confVal;
        height = (int) heightDouble;
        g2.drawLine(leftBound, height, rightBound, height);
    }