我有一个带有rs id(和其他字段(的SNP数据子集,我想创建两个具有各自染色体编号和染色体位置的新列。我有一个包含所有 SNP 的主文件(rs id、染色体编号、位置......等(,我想使用命令行从主文件填充我的文件(我的子集文件有 ~300 万行(。
我在想像加入这样的东西,如果然后语句,或者awk(或这些的某种组合(
例如,我有什么:
文件1
SNP A1 A2 Freq1.Hapmap b se p N
rs1000000 G A 0.6333 1e-04 0.0043 0.9814 233572
rs10000010 T C 0.575 -0.0022 0.0029 0.4384 339148
文件2
ID SNP Chromosome Position REF Allele ALT Allele Contig Contig Position Band dbSNP
chr10:1175426:C/G:1 rs1000000 chr10 1175426 C G GL000093.1 1115426 p15.3 rs184435191
chr10:31133635:T/C:1 rs143579887 chr10 31133635 T C GL000093.1 31073635 p11.23 rs143579887
chr10:33247334:G/T:1 chr10:33247334:G/T:1 chr10 33247334 G T GL000093.1 33187334 p11.22
chr11:118230335:A/G:1 rs10000010 chr11 118230335 A G GL000104.1 21792751 q23.3 rs147754044
chr11:132968833:A/C:1 chr11:132968833:A/C:1 chr11 132968833 A C GL000104.1 36531249 q25
chr11:57678793:C/G:-1 rs77482717 chr11 57678793 C G GL000103.1 2984588 q12.1 rs77482717
chr11:61722645:C/A:1 chr11:61722645:C/A:1 chr11 61722645 C A GL000103.1 7028440 q12.3 rs1109748
我想要什么:
SNP Chromosome Position A1 A2 Freq1.Hapmap b se p N
rs1000000 chr10 1175426 G A 0.6333 1e-04 0.0043 0.9814 233572
rs10000010 chr11 118230335 T C 0.575 -0.0022 0.0029 0.4384 339148
假设您的文件是制表符分隔的:
$ awk 'BEGIN{FS=OFS="t"}NR==FNR{a[$2]=$3 OFS $4;next}{$2=a[$1] OFS $2}1' file2 file1
SNP Chromosome Position A1 A2 Freq1.Hapmap b se p N
rs1000000 chr10 1175426 G A 0.6333 1e-04 0.0043 0.9814 233572
rs10000010 chr11 118230335 T C 0.575 -0.0022 0.0029 0.4384 339148
对于file2
中的所有记录:将每个SNP与数组中相应的染色体和位置值相关联,file1
:从数组中检索与每个SNP关联的染色体和位置值,并在第二列之前插入。