Postgres DB 无法使用 RJDBC 连接到 R

Question

我一直试图通过R从PostgreSQL数据库中查询数据。我尝试过用几个不同的包（RODBC, RJDBC, DBI, RPostgres等）对猫进行剥皮，但我似乎一直收到驱动程序错误。奇怪的是，我从来没有遇到过使用相同的驱动程序/URL和设置从SQLWorkbench/J连接到Postgres的问题。

我尝试过使用postgresql-9.2-1002.jdbc4.jar和postgresql-9.3-1100.jdbc41.jar，以及R中的通用"PostgreSQL"驱动程序。这两个jar文件分别是（I）我一直在SQLWorkbench/J中使用的驱动程序和（ii）同一驱动程序的稍新版本。然而，当我尝试使用它时…

drv_custom <- JDBC(driverClass = "org.postgresql.Driver", classPath="/Users/xxxx/postgresql-9.3-1100.jdbc41.jar")

我得到一个错误：

Error in .jfindClass(as.character(driverClass)[1]) : class not found

好吧，接下来我用通用驱动程序来尝试一下

drv_generic <- dbDriver("PostgreSQL")

奇怪的是，它不想让我输入用户名：

>con <- dbConnect(drv=drv_generic, "jdbc:postgresql://xxx.xxxxx.com", port=xxxx,     uid="xxxx", password="xxxx")
>Error in postgresqlNewConnection(drv, ...) : unused argument (uid = "xxxx")

所以我在没有用户/uid:的情况下尝试

con<-dbConnect（drv_generic，"jdbc:postgresql://padb-01.jiwiredev.com:5439"，密码＝"；paraccel"）

然后得到一个错误。。。。

Error in postgresqlNewConnection(drv, ...) : 
RS-DBI driver: (could not connect jdbc:postgresql://padb-01.xxx.com:5439@local on dbname "jdbc:postgresql://xxxx.xxxx.com:5439")

显然语法是错误的？

然后我回过头来尝试"；自定义"；驱动程序（早期的.jar文件之一），但没有指定driverClass。

drv_custom1<-JDBC（classPath＝"/Users/xxxx/postgresql-9.2-1002.jdbc4.jar"）

con<-dbConnect（drv=drv_custom1，"jdbc:postgresql://xxx.xxx.com"，port＝5439，uid＝"0"；paraccel"；，pwd="；paraccel"）

并得到这个错误：

Error in .jcall(drv@jdrv, "Ljava/sql/Connection;", "connect", as.character(url)[1],  : 
RcallMethod: attempt to call a method of a NULL object.

我又试了一次，对语法做了一点修改：

con <- dbConnect(drv=drv_custom1, url="jdbc:postgresql://xxxx.xxxx.com", port=xxxx, uid="xxxx", pwd="xxxxx",dsn="xxxx")

得到了同样的错误。我还尝试了许多其他变体/方法。我认为我的困惑部分来自于这样一个事实，即文档在DBI等包和RJDBC等基于它的包之间以非常零碎的方式处理，因此当我查看?dbConnect等文档时，我需要指定的许多选项甚至没有被提及，我一直在根据与这些包/错误相关的各种谷歌搜索结果进行工作。

我发现一个线程建议尝试

.jaddClassPath( "xxxxx/postgresql-9.2-1002.jdbc4.jar" )

首先，但这似乎没有帮助。

我也试过使用

x <- PostgreSQL(max.con = 16, fetch.default.rec = 500, force.reload = FALSE)

但没有用，我尝试用ROBC作为驱动程序。

更新：

我尝试使用旧版本的驱动程序（jdbc3而不是jdbc4），重新启动R，并分离所有不必要的包。

我能够加载驱动程序

> drv_custom <- JDBC(driverClass = "org.postgresql.Driver", classPath="/xxxxx/xxxxx/postgresql-9.3-1100.jdbc3.jar")

但我仍然无法连接。。。

> con <- dbConnect(drv=drv_custom, "jdbc:postgresql://xxxxx.xxxxx.com", port=5439, uid="xxxxx", pwd="xxxxx")
Error in .verify.JDBC.result(jc, "Unable to connect JDBC to ", url) : 
Unable to connect JDBC to jdbc:postgresql://xxxxx.xxxx.com

Answer 1

这对我有效：

library(RJDBC)
drv <- JDBC("org.postgresql.Driver","C:/R/postgresql-9.4.1211.jar")
con <- dbConnect(drv, url="jdbc:postgresql://host:port/dbname", user="<user name>", password="<password>")

诀窍是将port和dbname包含在url中。出于某种原因，jdbc:postgresql似乎不喜欢从dbConnect参数中读取这些信息。

• 如果您不确定dbname是什么，它可能是postgres
• 如果你不确定port是什么，它可能是5432

因此，一个典型的呼叫看起来像：

con <- dbConnect(drv, url="jdbc:postgresql://10.10.10.10:5432/postgres", user="<user name>", password="<password>")

您可以从以下位置获取jar文件https://jdbc.postgresql.org/

Answer 2

在IRC上进行了一些故障排除，但发生了以下情况：

1. 我需要清除工作区，分离ROBC和RJDBC，然后重新启动
2. 加载RPostgreSQL
3. 仅使用通用驱动程序

4. 将语法修改为

   con <- dbConnect(drv=drv_generic, "xxx.xxx.com", port=vvvv, user="ffff", password="ffff", dbname="ggg")

注意：删除jdbc:postgresql:part是关键。对于RJDBC来说，这些都是必要的，但事实证明，RJDBC是一条不必要的痛苦之路。