r语言 - 生物导体单细胞RNA序列错误，assayData()功能不起作用，为什么？

Question

我遵循了论文"单细胞RNA测序的Bioconductor工作流程：归一化，降维，聚类和谱系推断"中的代码。但是我在预处理步骤中遇到了函数assayData((的错误。以下是论文的链接： https://www.bioconductor.org/help/course-materials/2017/BioC2017/Day2/Workshops/singleCell/doc/workshop.html#introduction

我按如下方式浏览了代码：

# Bioconductor
library(BiocParallel)
library(clusterExperiment)
library(scone)
library(zinbwave)
# GitHub
library(slingshot)
# CRAN
library(doParallel)
library(gam)
library(RColorBrewer)
set.seed(20)
##Parallel computing
register(SerialParam())
NCORES <- 2
mysystem = Sys.info()[["sysname"]]
if (mysystem == "Darwin"){
registerDoParallel(NCORES)
register(DoparParam())
}else if (mysystem == "Linux"){
register(bpstart(MulticoreParam(workers=NCORES)))
}else{
print("Please change this to allow parallel computing on your computer.")
register(SerialParam())
}
## Pre-processing
data_dir <- "C:/Users/kuosh/Documents/"
if (!dir.exists(data_dir)) system(sprintf('mkdir %s', data_dir))
urls = c("https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE95601&format=file&file=GSE95601%5FoeHBCdiff%5FCufflinks%5FeSet%2ERda%2Egz",
"https://raw.githubusercontent.com/rufletch/p63-HBC-diff/master/ref/oeHBCdiff_clusterLabels.txt")
if(!file.exists(paste0(data_dir, "GSE95601_oeHBCdiff_Cufflinks_eSet.Rda"))) {
if (!dir.exists(data_dir)) system(sprintf('mkdir %s', data_dir))
download.file(urls[1], paste0(data_dir, "GSE95601_oeHBCdiff_Cufflinks_eSet.Rda.gz"))
R.utils::gunzip(paste0(data_dir, "GSE95601_oeHBCdiff_Cufflinks_eSet.Rda.gz"))
assayData(Cufflinks_eSet)$exprs = NULL
assayData(Cufflinks_eSet)$fpkm_table = NULL
assayData(Cufflinks_eSet)$tpm_table = NULL
save(Cufflinks_eSet, file='data/GSE95601_oeHBCdiff_Cufflinks_eSet_reduced.Rda')
}

该文件已成功下载并解压缩，但我遇到了错误：分析数据(袖扣集(中的错误$exprs = NULL ：找不到对象"袖扣集"。有人可以帮助我吗？非常感谢。

Answer 1

如果我理解得很好，您已经将数据存储在对象"Cufflinks_eSet"中。但是您正在从"CufflinkseSet"获取数据。所以这应该是一个错字，因为缺少下划线"_"。请尝试：

assayData(Cufflinks_eSet)$exprs

相反。