BASH脚本，用于创建多个目录、移动文件，然后重命名所述文件

Question

我正在尝试制作一个bash脚本来创建与给定目录中每个文件同名的目录，然后将所述文件移动到各自的目录，然后重命名文件。

基本上-我使用的一个量子化学程序要求输入文件命名为&;zmat &;。因此，如果我有多个作业，我目前需要手动创建目录，然后将ZMAT文件移动到其中(每个文件夹只能运行一个作业)。

当我运行我的代码时，我得到"预期二进制操作符"。我不确定这是什么意思。请帮帮我。

到目前为止我写的是:

#!/bin/bash
if [ -e *.ZMAT ]; 
then
echo "CFOUR Job Detected"
for INPFILE in *.ZMAT; do
BASENAME=$(basename $INPFILE )
INPFILE=$BASENAME.ZMAT
OUTFILE=$BASENAME.out
XYZFILE=$BASENAME.xyz
ERRORFILE=$BASENAME.slu

if [ ! -e $ERRORFILE ];
then
# Create folder in scratch directory with the basename
mkdir /scratch/CFOUR/$BASENAME
# Move the file to its directory
mv -f $INPFILE /scratch/CFOUR/$BASENAME
# cd to the new directory
cd /scratch/CFOUR/$BASENAME
# Change the file name to just ZMAT
mv -f $INPFILE ZMAT
echo "Submitting CFOUR Job"
# Submit to scheduler
#RUN_COMMAND="sbatch -J $BASENAME _CFOUR_MRCC_SLURM.SUB"
#eval $RUN_COMMAND
else
echo "Error File Detected - Not Submitting Job"
fi
done
fi

Answer 1

另一种方法是创建指向原始文件的符号链接。

如前所述，每个ZMAT符号链接都需要在自己的目录中。

好处是原始数据不会移动，因此破坏它的风险较小，但是您想要使用的工具应该像读取文件一样读取符号链接。

这个一行代码在当前文件夹中创建了一个输出目录，您可以随后将其移动到您想要的任何位置。你可以通过替换"out"使用你想要的绝对路径

for i in *.ZMAT; do mkdir -p out/$i ; ln -s $PWD/$i out/$i/ZMAT ; done

Answer 2

我相信我的问题已经解决了。这是新的脚本，它似乎工作得很好。欢迎任何输入!

#!/bin/bash
SUBDIR=$(pwd)
for i in *.ZMAT; do
BASENAME=$(basename $i .ZMAT)
INPFILE=$BASENAME.ZMAT
OUTFILE=$BASENAME.out
XYZFILE=$BASENAME.xyz
ERRORFILE=$BASENAME.slu

if [ ! -e $ERRORFILE ];
then
mkdir /scratch/CFOUR/$BASENAME # Create Scratch Folder
cp $INPFILE /scratch/cdc/CFOUR/$BASENAME # Move Input to Scratch
cd /scratch/CFOUR/$BASENAME #cd to Scratch Folder
mv -f $INPFILE ZMAT # Change Input Name
echo "Submitting CFOUR Job"
# Submit to scheduler
#RUN_COMMAND="sbatch -J $BASENAME _CFOUR_MRCC_SLURM.SUB"
#eval $RUN_COMMAND
cd $SUBDIR #Go back to SUBDIR
else
echo "Error File Already Exists"
fi
done