对于已批准的研究项目,如何下载遗传/SNP数据?表格数据(人口统计和临床)已经下载成功,但文档并没有真正显示如何下载相应的SNP数据。如有任何指示,将不胜感激。
您可以在FAQ中的问题10-15中查看有关UKB的文档,我认为可以解释该过程:(https://www.ukbiobank.ac.uk/media/cffi4mx5/ukb-genotyping-and-imputation-data-release-faq-v3-2-1.pdf)
在下面的表格中,我看到一些SNP数据可以直接从UKB获得。我想这取决于他们所追求的SNP数据:https://biobank.ctsu.ox.ac.uk/crystal/crystal/docs/ukbgene_instruct.html
我希望它有助于开始!
结果证明这里有很好的文档。利用gfetch
,可以下载PLINK二进制格式(.bed
)的基因型数据。然后可以使用genio、BEDMatrix等软件包导入R
。