r语言 - cmdscale(dist， k = k) 中的错误：在 phyloseq 中执行plot_heatmap时，"d"中不允许 NA 值

Question

我需要绘制样本的分类丰度热图。我已经创建了我的phyloseq对象没有问题，但我得到一个错误时，试图生成热图:

"phyloseqin.species"是我的phyloseq级实验级对象

otu_table()   OTU Table:         [ 325 taxa and 101 samples ]
sample_data() Sample Data:       [ 101 samples by 5 sample variables ]
tax_table()   Taxonomy Table:    [ 325 taxa by 7 taxonomic ranks ]

在我的OTU表中自然有一些NAs。

运行

plot_heatmap(phyloseqin.species,  sample.label="Sample", title = 'Relative abundance data - NMDS - Bray', 
+              taxa.label='Species', method = "NMDS", distance = "bray")

我收到这个错误:

Error in cmdscale(dist, k = k) : NA values not allowed in 'd'
In addition: Warning messages:
1: In distfun(comm, method = distance, ...) :
you have empty rows: their dissimilarities may be meaningless in method “bray”
2: In distfun(comm, method = distance, ...) : missing values in results

这个错误是因为我没有树作为我的phyloseq对象的一部分吗?

提前感谢您的帮助!

Answer 1

这并不是因为您没有树—将您的OTU丰度表中的NAs更改为0。你可以将一个样品的物种记录为NA，但同样有效的是，你在该样品中记录了0次OTU。