r-如何解决状态为sce不是数字的addPerCellQC错误

Question

我在R部门工作，分析单细胞RNA-seq数据。我目前正在尝试将QC数据添加到我的SingleCellExperiment(sce)对象中；线粒体基因、核糖基因和ERCC_基因包含所执行的那些特定基因的行位置

mito_genes <- grep("^mt-", rownames(sce))
ribo_genes <- grep("^Rp[ls]", rownames(sce))
ERCC_genes <- grep("^ERCC-", rownames(sce))

将QC数据添加到colData 的代码

sce <- addPerCellQC(sce, subsets=list(Mito = mito_genes, Ribo = ribo_genes, ERCC = ERCC_genes))
colData(sce)

我得到的错误：Error in base::colSums(x, na.rm = na.rm, dims = dims, ...) : 'x' must be numeric

在我看来，sce本身可能有问题，因为perCellQCMetrics(sce)返回了相同的错误。我之前已经生成了sce，并将Indexsort数据附加到另一个实验中。然而，我以前从未出现过这种错误。我试着重新加载所有东西，等等

谢谢你的帮助！

Answer 1

错误是我的索引排序矩阵中留下的一个省略的非数字列，这导致sce对象被标识为非数字。