在R (http)中使用pubmed api检索摘要

Question

我正试图直接使用httr从R的pubmedapi工作。有一些优秀的软件包可用，如RISmed和easypubmed，但对于这个特定的任务，我需要直接与api交互。

使用这组指令(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25500/)，我从这段代码开始，但返回的是一个没有任何详细信息或pmid的列表。任何指导都是感激的。或者如果你知道在这种情况下使用R的特殊教程，

library(XML)
library(httr)
library(glue)

query = 'asthma[mesh]+AND+leukotrienes[mesh]+AND+2009[pdat]'

reqq = glue ('https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term={query}')
op = GET(reqq)

我也尝试了这个帖子的代码(为什么我得到这个错误:XML内容似乎不是XML)，但它给出了这个错误Error in read_xml.raw(x, encoding = encoding, ...) : Opening and ending tag mismatch: meta line 17 and head [76]

Answer 1

您可以读取XML响应并解析它以收集pubmed id，例如:

library(magrittr) 
df_op <- op %>% xml2::read_xml() %>% xml2::as_list()
pmids <- df_op$eSearchResult$IdList %>% unlist(use.names = FALSE)

给了:

> pmids
[1] "20113659" "20074456" "20046412" "20021457" "20008883" "20008181" "19912318" "19897276" "19895589"
[10] "19894390" "19852204" "19839969" "19811112" "19757309" "19749079" "19739647" "19706339" "19665766"
[19] "19648384" "19647860"