代码中的
我使用Mac。我一直在尝试使用Muscle在Python中进行多序列对齐。这是我一直在运行的代码：
from Bio.Align.Applications import MuscleCommandline
cline = MuscleCommandline(input="testunaligned.fasta", out="testunaligned.aln", clwstrict=True)
print(cline)
from Bio import AlignIO
align = AlignIO.read(open("testunaligned.aln"), "clustal")
print(align)我一直得到以下错误：
FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'testunaligned.aln'有人知道我该怎么解决吗？我对Python和计算机科学很陌生，完全不知所措。谢谢
cline是用所有参数初始化的MuscleCommandline对象的实例。初始化后，这个实例可以运行muscle，但只有当你调用它时，它才会运行。这意味着你必须调用cline()
当您简单地printcline对象时，它将返回一个字符串，该字符串对应于您可以在命令行上手动运行的命令，以获得与调用cline()时相同的结果。
这里是工作代码：
from Bio.Align.Applications import MuscleCommandline
cline = MuscleCommandline(
input="testunaligned.fasta",
out="testunaligned.aln",
clwstrict=True
)
print(cline)
cline() # this is where mucle runs
from Bio import AlignIO
align = AlignIO.read(open("testunaligned.aln"), "clustal")
print(align)