Snakemake不能写元数据

Question

我有麻烦让snakemake-minimal=7.8.5在Windows 10上运行。我可以执行规则，但是由于有关元数据的错误，蛇尾终止:

Failed to set marker file for job started ([Errno 2] No such file or directory: 'C:\test\project\.snakemake\incomplete\cnVucy9leHBlcmltZW50XzAzL2RmX2ludGVuc2l0aWVzX3Byb3RlaW5Hcm91cHNfbG9uZ18yMDE3XzIwMThfMjAxOV8yMDIwX04wNTAxNV9NMDQ1NDcvUV9FeGFjdGl2ZV9IRl9YX09yYml0cmFwX0V4YWN0aXZlX1Nlcmllc19zbG90XyM2MDcwLzE0X2V4cGVyaW1lbnRfMDNfZGF0YS5pcHluYg=='). Snakemake will work, but cannot ensure that output files are complete in case of a kill signal or power loss. Please ensure write permissions for the directory C:testproject.snakemake

我试图解决以下问题

• 更改文件夹:Documents, User文件夹，并像上面一样在我的c驱动器根文件夹
• 我试图操纵安全设置:受控文件夹或随机软件访问，见讨论->

如果我擦掉.snakemake重建在执行,所以我认为我有写访问。然而,一些安全设置禁止散列的长文件名

我在不同的Windows 10机器上尝试了相同的工作流程，没有得到错误，所以我认为这是一些Windows问题。

是否有人遇到同样的错误并找到解决方案?

Answer 1

我同意这是由于文件名的长度。似乎默认的最大文件名长度是260。您粘贴的文件长度为262。您可以编辑注册表以允许更长的文件名。还可以考虑在snakemaker中打开一个问题，以改进文档或以其他方式解决windows机器的此问题。