将列重命名为文件名-多个csv文件r

Question

我有200个csv文件，文件名为"a.csv"， "b.csv"等

在每个csv文件中，有两列:"type"one_answers";abundance"。我想将每个csv文件中的abundance列的名称更改为"a_abundance";b_abundance"等来匹配文件名，然后用新的列名保存CSV文件。

到目前为止，我有以下内容，但它不起作用:

filenames<- list.files(pattern = ".csv")
all_files <- lapply (filenames, function (x) {
file <- read.csv (x) 
name= sub(".*", "", x) 

colnames(file) <- paste (colnames(file), name, sep ='_') 

return(file)
})

Answer 1

像这样:

all_files <- lapply(setNames(nm=filenames), function(fn) {
dat <- read.csv(fn)
ind <- colnames(dat) == "abundance"
if (any(ind)) {
colnames(dat)[ind] <- paste0(tools::file_path_sans_ext(basename(fn)), "_abundance")
}
dat
})

上面的代码将读取数据并更改一个列名。(你说只有一列，但你的代码正在改变所有列…我将坚持只使用名为"abundance"的那个

从这里开始，你可以用重写一个From:

Map(write.csv, all_files, names(all_files))
## or ##
for (nm in names(all_files)) write.csv(all_files[[nm]], nm)

---

供参考，这可以在命令行(bash shell或类似的，只要sed可用)上完成快得多，例如:

for fn in $(ls *.csv) ; do
BN=$(basename "$fn" .csv)
sed -i -E "1{s/abundance/${BN}_abundance/}" "$fn"
done

演练:

• 对于BN,basename删除所有开头的目录组件，并且末尾的.csv从文件名中删除扩展名;这将把./a.csv转换为a。
• 对于sed:
  • -i对文件进行就地修改;注意，这不会存储原始文件的备份;如果你使用-i.bak，那么它会在修改之前备份文件，也许你第一次尝试更安全，然后你可以删除*.bak文件
  • -E是一个扩展表达式;你应该也能通过-e，这只是我的习惯
  • 1表示只在
  文件的第一行应用此规则
  • s/from/to/将文本从from模式转换为to模式，在本例中加上${BN}_(大括号在bash envvar使用中有点防御作用)