如何将fsa_nt文件转换为FASTA?



我正在尝试转换从NCBI下载的包含细菌基因组组的文件。为了进一步分析,我需要将其转换为FASta格式。

我尝试通过seqkit转换,但它不工作。

.fsa_nt扩展名表示文件已经是FASTA格式。NCBI GenBank发布说明将.fsa_nt文件描述为"Nucleotide fasta"。

从NCBI下载的典型文件扩展名为.fsa_nt.gz。这些文件已经是FASTA格式,用gzip压缩。您可以使用gunzipzcat解压它们。

例如,在*nix系统中,您可以这样下载并解压缩.fsa_nt.gz文件:

curl ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/wgs_aux/LN/TK/LNTK01/LNTK01.1.fsa_nt.gz | gunzip > LNTK01.1.fasta

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