我不能轻易地用conda创建一个包含我想要的NGS工具的环境。我重新安装了conda以重新开始，因为我在基本环境中有许多python包。我还利用这个机会安装了完整的anaconda3而不是之前的miniconda，现在我有足够的空间了。
虽然所有的软件包都可以通过bioconda获得，但我只能添加到我的环境中的两个是fastqc和multiqc。在此之前，我可以使用miniconda3在基本环境中安装sra-tools和fastqc。
配置:MacOS Monterey 12.1 M1芯片。把我的旧macbook air换成最新的时光机bkp。我用anaconda-clean程序卸载了miniconda，之后我还在apps文件夹中删除了一个python 3.9.5，我最初是在一年前安装的，在知道conda之前开始学习。
也要提到，如果它可能有帮助:Anaconda3-2022.05-MacOSX-arm64没有安装anaconda-navigator。PKG (sha256完整性检查ok)在anaconda网站上检查安装/导航器故障排除后，我在启动spyder时遇到了一个错误:
```(ModuleNotFoundError: No module named 'PyQt5.QtWebEngineWidgets')```
有人知道找不到包裹是怎么来的吗?
谢谢你的帮助!最好的,丹尼尔
环境创建命令和控制台输出:
(base) mymac:~ D________$ conda create --name ngstools fastqc multiqc sra-tools samtools bowtie2 hisat2 subread -c conda-forge -c bioconda -c bioconda/label/cf201901
终端输出:
收集包元数据(current_repodata.json): done
解决环境:failed with repodata from current_repodata。
收集包元数据(repodata.json):完成求解环境:failed
PackagesNotFoundError:以下包在当前通道中不可用:
- hisat2
- subread
- bowtie2
- samtools
- sra-tools
当前频道:
- https://conda.anaconda.org/conda-forge/osx-arm64
- https://conda.anaconda.org/conda-forge/noarch
- https://conda.anaconda.org/bioconda/osx-arm64
- https://conda.anaconda.org/bioconda/noarch
- https://conda.anaconda.org/bioconda/label/cf201901/osx-arm64
- https://conda.anaconda.org/bioconda/label/cf201901/noarch
- https://repo.anaconda.com/pkgs/main/osx-arm64
- https://repo.anaconda.com/pkgs/main/noarch
- https://repo.anaconda.com/pkgs/r/osx-arm64
- https://repo.anaconda.com/pkgs/r/noarch
要搜索可能提供您正在查找的conda包的备用通道，请导航到https://anaconda.org并使用页面顶部的搜索栏。
序言注释
目前，我不会向使用M1机器的生物信息学用户推荐这种配置。目前还不支持osx-arm64在Bioconda。我希望通过将所有内容都放在仿真中(osx-64)，可以找到最少的配置问题。)从基。或者您可以继续使用osx-arm64基础(如您现在所拥有的)，但是使用subdir设置创建新环境。下面的答案显示了这个方向的步骤。
同时，我也会尽量避免蟒蛇/迷你蟒蛇。Mambaforge基地是我向所有生物信息学家推荐的。全局设置Bioconda通道
最后，只有高级用户才应该使用通道标签(例如，bioconda/label/cf201901)。我知道它们会自动出现在Anaconda Cloud上，但它们只适用于大多数用户永远不会遇到的特殊情况。
立即解决方案
如果您想保留osx-arm64那么您需要创建一个osx-64目录。安装NGS工具的环境。我推荐以下协议作为最佳实践:
## create empty environment
conda create -n ngstools
## activate environment
conda activate ngstools
## configure architecture
conda config --env --set subdir osx-64
## configure channels for Bioconda
conda config --env --add channels defaults
conda config --env --add channels bioconda
conda config --env --add channels conda-forge
## install packages
conda install fastqc multiqc sra-tools samtools bowtie2 hisat2 subread
它是卷曲的，直到osx-arm64看到完全支持，您必须为需要仿真和Bioconda的每个环境都这样做。因此，我建议您重新安装osx-64base (Mambaforge)，这就可以了。