r-在RNA-seq数据中看到负log2FC上调

Question

我正在使用这个代码，但仍然看到基因的负值在上调。

DEGdf <- mutate(data, sig=ifelse(data$pvalue<=0.05 & data$log2FoldChange>=2 | data$pvalue>0.05 & data$log2FoldChange<2, "up", "down")) 

请参阅所附图片。任何帮助都将不胜感激。

在此处输入图像描述

Answer 1

对于每个逻辑表达式块，在()中封装可能更好，并且我们不需要在tidyverse函数中使用data$(它可能在未分组的数据中工作，但如果数据是分组的，那么它会取整列，而不是组中列的值(。在复合逻辑表达式中，具有log2FoldChange < 2的第二表达式可以是log2FoldChange < -2

原因是

with(data, (pvalue > 0.05 & log2FoldChange < 2))
#[1] FALSE FALSE  TRUE  TRUE

对于这两种情况，返回TRUE，因此在ifelse中，选择了"是"选项，即"向上"。如果我们将其更改为-2，它可能会在中工作

library(dplyr)
data %>%
mutate(sig = ifelse((pvalue <= 0.05 & log2FoldChange >= 2)|
(pvalue > 0.05 & log2FoldChange < -2), "up", "down"))

-输出

# log2FoldChange      pvalue  sig
#1       -3.55780 0.000081500 down
#2       -3.40030 0.002576522 down
#3       -0.76560 0.116639300 down
#4       -1.01844 0.131739900 down

数据

data <- structure(list(log2FoldChange = c(-3.5578, -3.4003, -0.7656, 
-1.01844), pvalue = c(8.15e-05, 0.002576522, 0.1166393, 0.1317399
)), class = "data.frame", row.names = c(NA, -4L))