我有一个关于使用ggeffect进行预测的问题,如果我使用传统的lm拟合或提取的parsnip模型拟合(尽管具有相同的系数(,这会给我带来完全不同的结果。下面是一个例子。。。
library(tidyverse)
library(tidymodels)
library(ggeffects)
test_df <- structure(list(weight = c(-1.7, 0, 0.6, 0.6, -0.7, -0.3, -0.6,
-1, -1, 2, 0.1, -0.6, -1.5, 2, -0.7, -0.2, -0.9, -0.6, 1.1, -2,
1.4, -1, -1.1, 0.5, 1.3, 0, -0.5, -3, 1.1, -0.6), steps = c(19217,
15758, 14124, 14407, 5565, 20860, 17536, 17156, 17219, 652, 1361,
8524, 1169, 3117, 3135, 1917, 4267, 7067, 8927, 2436, 3014, 5281,
8104, 6836, 8939, 4923, 6885, 10581, 10370, 11024), calories = c(1943,
1581, 1963, 1551, 1699, 1789, 1550, 2036, 1707, 1522, 1672, 1994,
1588, 1506, 1678, 1673, 1662, 1906, 1814, 1609, 1799, 1825, 1654,
2291, 1788, 2019, 1911, 1589, 2177, 2137)), class = c("tbl_df",
"tbl", "data.frame"), row.names = c(NA, -30L)) %>%
as_tibble(.)
#lm fit
lmmod_simp <- lm(weight ~ steps * calories, data = test_df)
#tidymodels
linear_reg_lm_spec <-
linear_reg() %>%
set_engine('lm')
basic_rec <- recipe(weight ~ steps + calories, test_df) %>%
step_interact(terms = ~ steps:calories)
lm_wflw <- workflow() %>%
add_recipe(basic_rec) %>%
add_model(linear_reg_lm_spec)
lm_fit <- fit(lm_wflw, data = test_df)
lm_fit_extracted <- lm_fit %>% extract_fit_parsnip()
当我看输出时,两者都有相同的系数
lmmod_simp
lm_fit_extracted
但当我去预测时,预测是完全不同的
ggemmeans(lmmod_simp, terms = c("steps", "calories[1500,2000,2500]")) %>%
as.data.frame() %>%
ggplot(aes(x,predicted, color=group, linetype = group))+
geom_line()
modlm 1
ggemmeans(lm_fit_extracted, terms = c("steps", "calories[1500,2000,2500]")) %>%
as.data.frame() %>%
ggplot(aes(x,predicted, color=group, linetype = group))+
geom_line()
mod lm2
也许我不能/不应该以这种方式使用parsnip拟合对象,但这似乎很奇怪,因为它们显示的系数相同。
我感谢任何帮助!
因为lmmod_simp
和lm_fit_extracted
是不同的模型,所以您得到的结果不同。虽然lm_fit
对步骤有交互作用,但lm_fit_extracted
不知道这种交互作用,因为它是在执行交互计算后获得数据的。
如果计划将模型用于诊断以外的其他用途,通常不建议从工作流对象中提取模型。