由于安装了程序包，从UBUNTU运行R脚本失败

Question

我正在尝试从Ubuntu运行一个R脚本。R脚本使用vcfR库：

install.packages("vcfR")
library("vcfR")
vcf.rout<-"/mnt/c/Users/PC/Documents/aDNA/haplotypes.vcf"
vcf<-read.vcfR(vcf.rout)

当我在R中运行脚本时，它运行得很好，但当我在Ubuntu中运行该脚本时，我会收到以下错误：

batelziv@DESKTOP-PGCKNUM:~$ Rscript /mnt/c/Users/PC/Documents/aDNA/Rs/unt1.R <br />
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’<br />
(as ‘lib’ is unspecified)<br />
Warning in install.packages("vcfR") :<br />
'lib = "/usr/local/lib/R/site-library"' is not writable<br />
Error in install.packages("vcfR") : unable to install packages<br />
Execution halted

我还尝试在没有库相关行的情况下运行脚本：

library("vcfR")
vcf.rout<-"/mnt/c/Users/PC/Documents/aDNA/haplotypes.vcf"
vcf<-read.vcfR(vcf.rout)

我得到：

Error in library("vcfR") : there is no package called ‘vcfR’
Execution halted

为什么Ubuntu不能使用已经安装的软件包
为什么安装时出现问题？

Answer 1

您有一个错误

'lib="usr/local/lib/R/site-library"不可写

您无权将包写入此路径。我认为当你安装时，你可以用其他路径添加选项lib，或者检查你是否不能写入它。

install.packages(pkgs, lib = ...)