我想使用GAM函数在mgcv包中运行一个层次GAM。我在brms中使用了相同形式的模型，没有问题，我最终会在brms上重新运行相同的模型，但提交摘要的截止日期是周日，所以我想在mgcv中尝试该模型，以获得更快的结果。
我的公式：
f = MDS1 ~ 1 + exposed + s(YEAR,bs = "tp")+ s(LEVEL, bs = "tp") +
t2(YEAR, SITE, bs = c("tp","re")) + s(INTERTIDAL_TRANSECT, bs = "re",
m = 1)
我的数据：
Classes ‘data.table’ and 'data.frame': 3992 obs. of 9 variables:
$ unique_id : chr "Babb's Cove-1-0-1988" "Babb's Cove-1-0-1989" "Babb's Cove-1-0-1990" "Babb's Cove-1-0-1992" ...
$ MDS1 : num -0.607 -0.607 -0.607 -0.607 -0.607 ...
$ MDS2 : num 0.19 0.19 0.19 0.19 0.19 ...
$ MDS3 : num 0.36 0.36 0.36 0.36 0.36 ...
$ SITE : chr "Babb's Cove" "Babb's Cove" "Babb's Cove" "Babb's Cove" ...
$ INTERTIDAL_TRANSECT: Factor w/ 21 levels "1","2","5","7",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
$ LEVEL : num 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 ...
$ YEAR : num 1988 1989 1990 1992 1994 ...
$ exposed : Factor w/ 2 levels "1","2": 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 ...
- attr(*, ".internal.selfref")=<externalptr>
- attr(*, "sorted")= chr "unique_id"
我有两个问题：a(
当我尝试用fit_count <- gam(f, data = count_merge, method = "REML", family = gaussian())拟合模型时，我得到：
Error in names(dat) <- object$term :
attribut 'names' [2] doit être de même longueur que le vecteur [1]
我认为这与公式的t2((参数有关。
b(我通常用brms运行GAM，我对该模型的公式是：
MDS1 ~ 1 + exposed + s(YEAR,bs = "tp")+ s(LEVEL, bs = "tp") + t2(YEAR, SITE, bs = c("tp","re"), full = T) +(1|r|INTERTIDAL_TRANSECT),
family = gaussian()
我将公式调整为mgcv:：gam的方法可以吗？
Q a(
您的SITE矢量是一个字符矢量，它必须是一个因子。
Q b(
这看起来还可以，但s(INTERTIDAL_TRANSECT, bs = "re")术语中不需要m = 1。
如果您希望｛brms｝调用｛mgcv｝之间的参数化相同，则还应在t2()项上使用full = TRUE选项。