Bash：遍历文件中的行并使用每行的索引(在python中相当于"枚举")

Question

我有一个包含文件路径列表的文本文件。我想遍历每一行(文件路径(，操作文件并将操作后的文件存储在一个新名称下。

要做到这一点，我想在file_$index下动态命名新文件，这样每个新文件都会被保存而不会被覆盖。有什么办法吗？我当前的代码是：

for j in $(cat access.txt); do bcftools view $j -include 'maf[0]>0.0 & maf[0]<0.005' -output [FILE_NAME] ; done

我不知道如何动态地更改文件名，即为file_$index。这相当于在python中对for循环进行枚举。注意：我不能使用现有的文件路径，因为这将覆盖我不想要的现有文件

在理想的情况下，我会操作文件路径($j(以提取部分路径作为新名称。但是我不确定这是否可能，所以file_$index也可以。

Answer 1

不要用读取的行

#!/usr/bin/env bash
index=1
while IFS= read -ru3 j; do
bcftools view "$j" -include 'maf[0]>0.0 & maf[0]<0.005' -output "${j}_$index"
((index++))
done 3< access.txt

---

在理想的情况下，我会操作文件路径($j(以提取部分路径作为新名称。

对于"$j"，可以使用参数展开来操纵/提取/替换您想要/希望使用该变量的任何内容。

• -ru3是-r-u 3的缩写。它使用FD3，以防bcftools正在吃stdin，请参阅help read

• ((index++))是bash中的一个算术表达式。

Answer 2

您可以使用以下内容来增加自己的索引：

i=$(( ${i:-0} + 1 ))

那么你的输出字符串可以是

"$j_$i"

Answer 3

使用while read的简单解决方案

while read idx fpath; do 
echo "$(basename $fpath)_$idx.txt"
done <<<$(cat tmp.txt | nl)

结果

a_1.txt
b_2.txt
c_3.txt

对于OP的代码

bcftools view $j -include 'maf[0]>0.0 & maf[0]<0.005' -output "${fpath}_${idx}"