将DNA序列翻译成熊猫数据框架内的蛋白质序列

Question

我有一个熊猫数据帧，其中包含DNA序列和基因名称。我想将DNA序列翻译成蛋白质序列，并将蛋白质序列存储在一个新的列中。

数据帧看起来像：

DNA	基因名
ATGGATAAG	基因_1
ATGCAGGAT	基因_2

我建议使用熊猫。DataFrame.apply.

类似于：

df['protein'] = df['DNA'].apply(lambda x: Seq(x).translate(), axis=1)

由于您想要翻译"DNA"；列，您可以使用列表理解：

df['protein'] = [''.join(Seq(sq).translate()) for sq in df['DNA']]

输出：

DNA gene_name protein
0  ATGGATAAG    gene_1     MDK
1  ATGCAGGAT    gene_2     MQD