如何计算灯中两个原子之间的最小距离?

Question

我已经把一个由两个原子组成的系统的能量最小化了。现在我有了它们的坐标。如何计算两个原子之间的距离?用两个原子的坐标计算它们之间的距离的命令是什么?

# Screen and file output
thermo          1
thermo_style    custom step etotal temp fmax fnorm dist
compute         pnrg all pe/atom 
compute         1 all pair/local dist
dump            cg all custom 10 Cul_2atom.min id type x y z c_pnrg
# Minimize total structure
min_style       cg
min_modify      line backtrack
minimize        1.0e-10 1.0e-10 30000 100000
undump          cg
undump          rmin  

Answer 1

from here - the lammps文档:

compute 1 all property/local patom1 patom2
compute 2 all pair/local dist eng force
dump 1 all local 1000 tmp.dump index c_1[1] c_1[2] c_2[1] c_2[2] c_2[3]

这将写出系统中所有原子对之间的距离、能量和作用力，并输出到转储文件中。