如何在一个命令中连接不同编号的文件对?

Question

我如何在一个命令中连接有一对每个样本的样本?

我的数据是这样的:

S10_L001_R1_001.1.fq.gz

S10_L001_R1_001.2.fq.gz

S10_L001_R1_001.rem.1.fq.gz

S10_L001_R1_001.rem.2.fq.gz

S11_L001_R1_001.1.fq.gz

S11_L001_R1_001.2.fq.gz

S11_L001_R1_001.rem.1.fq.gz

S11_L001_R1_001.rem.2.fq.gz

以此类推。这个想法是连接"S10 ... .1"与"S10…rem.1"one_answers"S10 ... .2"与"S10…

谢谢!

我试着手工做，但考虑到我有600个样本，这需要很多时间。

Answer 1

你可以尝试这样做:

for prefix in $(ls | cut -d_ -f1 | sort -u); 
do 
cat ${prefix}_*1.fq.gz ${prefix}_*.rem.1.fq.gz > ${prefix}_concat_1.fq.gz; 
cat ${prefix}_*2.fq.gz ${prefix}_*.rem.2.fq.gz > ${prefix}_concat_2.fq.gz; 
done